西伯利亚杏全基因组CBF基因家族鉴定及低温胁迫下的表达模式 |
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引用本文: | 赵硕,陈建华,李彪,张剑,董胜君,刘权钢.西伯利亚杏全基因组CBF基因家族鉴定及低温胁迫下的表达模式[J].西南农业学报,2023(5):913-923. |
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作者姓名: | 赵硕 陈建华 李彪 张剑 董胜君 刘权钢 |
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作者单位: | 沈阳农业大学林学院 |
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基金项目: | “十三五”国家重点研发计划项目(2019YFD1001200);;辽宁省教育厅重点攻关项目(LSNZD201904);;辽宁省科学技术厅博士启动基金项目(2021-BS-139); |
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摘 要: | 【目的】利用西伯利亚杏全基因组数据库鉴定CBF家族成员,并分析CBF转录因子保守域特点与功能及其在低温胁迫下的表达情况。【方法】根据西伯利亚杏全基因组数据库,利用BLASTP和HMM Search搜索西伯利亚杏CBF基因,通过CDD和MEME验证其保守结构域。使用Prot-Param、WOLF PSORT、MAGA X、Phyre2、PlantCARE等生物信息学工具分别分析蛋白理化性质、亚细胞定位、系统发育、蛋白三级结构、染色体定位及顺式调控元件。利用实时荧光定量PCR分析西伯利亚杏CBF基因在低温胁迫后的表达模式。【结果】本研究共鉴定出4个西伯利亚杏CBF基因,它们均具有AP2基因家族保守结构域PKKPAGR和DSAWR序列。西伯利亚杏CBF蛋白包含206~246个氨基酸,蛋白理论分子量平均值为25.80 KDa,平均等电点为5.92。PsCBF3和PsCBF4在基因结构上较为相似,亲缘关系更近。4个PsCBFs亚细胞定位均位于细胞核内。启动子顺式作用元件分析结果显示CBF家族成员可参与植物激素和非生物胁迫响应。西伯利亚杏CBF成员均属于酸性和亲水性蛋白。低温胁迫后,CBF基因主要...
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关 键 词: | 西伯利亚杏 CBF基因家族 生物信息学 低温胁迫 |
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