土壤微生物群落磷脂脂肪酸生物标记分析程序PLFAEco

研究目的]磷脂脂肪酸(PLFAs)是一个良好的生物标记物,可应用于土壤微生物群落多样性的定性定量分析.为提高研究分析效率,编写了生物标记辅助分析程序PLFAEco,提供基于PLFAs的微生物群落分析功能.方法]基于MIDI公司的Sherlock脂肪酸微生物鉴定系统,采用Perl为编程语言.结果]程序PLFAEco可计算样品的微生物群落特性,包括Shannon-Wiener(H1)、Brillouin(H2)、McIntosh多样性指数(H3)、丰富度指数(S)、Pielou均匀度(J)、Simpson 势度指数(D)计算,执行聚类分析,主成份分析;计算对象可分别为样品或PLFAs;也可依用户设定以PLFAs组合代替单一PLFA为计算单元便于比较真菌、放线菌、细菌等微生物类群之间的关系;根据样品重复、处理信息进行均值和标准差计算;计算结果以包含图表的网页形式显示,提供CSV格式的数据文件供其它软件使用.结论]程序PLFAEco扩展了Sherlock系统在微生物群落分析方面的功能,避免了手工利用该系统带来的磷脂脂肪酸数据提取、数据矩阵构建、统计计算等复杂而繁重的工作.具有操作方便、速度快的特点,能满足大多数情况下的需求,已在烟田土壤、发酵床养猪场垫料的微生物群落分析中得到了验证.程序及手册、示例位于网站www.dagri.org.

The Development of the Program PLFAEco for Analysis of the Phospholipid Fatty Acids (PLFAs) Biomarkers Detected from the Microbial Community in Soil Samples