基于转录组测序挖掘雌性鸡胚性腺不对称发育中的重要lncRNA及其靶基因

为了挖掘雌性鸡胚性腺不对称发育中的重要长链非编码RNA(lncRNA)及其靶基因，试验以采集的胚胎孵化第9天(E9阶段)的雌性鸡胚两侧性腺为研究对象，采用转录组测序(RNA-seq)技术和生物信息学方法对雌性鸡胚左右两侧性腺进行转录组分析预测lncRNA,运用DESeq2 v1.30.1软件鉴定两侧性腺间差异表达的mRNA和lncRNA,预测差异表达lncRNA的顺式和反式靶基因，对靶基因进行GO功能注释和KEGG信号通路分析；通过实时荧光定量PCR扩增验证重要靶基因的表达。结果表明：转录组分析预测出653个基因间lncRNA,467个内含子lncRNA,1 339个反义lncRNA。雌性鸡胚左右两侧性腺间有1 856个差异表达mRNA和443个差异表达lncRNA。GRIA1、DIO3、FSHR、LHX9、CYP17A1和TOX3等229个基因为差异表达lncRNA的靶基因。两侧性腺差异表达lncRNA的靶基因主要富集到了类固醇代谢过程、细胞内雌激素受体信号通路的正向调节、代谢通路等过程。实时荧光定量PCR扩增验证重要靶基因的表达结果与RNA-seq结果基本一致。说明雌性鸡胚左右两侧...