| 龙眼HDAC家族成员的全基因组鉴定及表达分析 |
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| 引用本文： | 李晓斐,张舒婷,陈晓慧,申序,蒋梦琦,刘蒲东,陈裕坤,林玉玲,赖钟雄. 龙眼HDAC家族成员的全基因组鉴定及表达分析[J]. 果树学报, 2020, 0(6): 793-807 |
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| 作者姓名： | 李晓斐 张舒婷 陈晓慧 申序 蒋梦琦 刘蒲东 陈裕坤 林玉玲 赖钟雄 |
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| 作者单位： | 福建农林大学园艺植物生物工程研究所 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31572088,31672127);福建省高原学科建设经费(102/71201801101);福建农林大学科技创新专项基金(CXZX2017189,CXZX2017314,CXZX2018076,KF2015108)。 |
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| 摘 要： | 【目的】研究龙眼HDAC家族的进化特性及其在体胚发生过程及不同激素处理下的表达模式。【方法】对龙眼HDAC(DlHDAC)家族成员进行全基因组鉴定及生物信息学分析,结合转录组数据分析DlHDAC家族在龙眼非胚性及胚性培养物及不同组织器官中的表达情况,采用qRT-PCR检测龙眼体胚发生过程及不同激素处理下DlHDAC家族的表达模式。【结果】DlHDAC家族可分为RPD3/HDA1、HD2和SIR2亚家族,均为亲水性蛋白质,亚细胞定位显示主要分布于细胞核中。RPD3/HDA1亚家族含有HDAC结构域,HD2亚家族含有C2H2型锌指和Nucleoplasmin结构域,SIR2亚家族含有SIR2结构域。RPD3/HDA1和SIR2亚家族蛋白结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,HD2亚家族以无规则卷曲为主。DlHDAC启动子序列中包含众多光响应、激素应答、胁迫响应及与植物生长相关作用元件;转录组数据显示DlHDAC家族大部分成员在ICpEC和GE阶段高表达;且在龙眼果实,种子及根中高表达。qPCR分析显示,DlHDA6、DlSRT1-1、DlHDT1和DlHDT3在GE阶段上调表达;在脱落酸(ABA)、茉莉酸甲酯(MeJA)、赤霉素(GA3)和水杨酸(SA)处理下DlHDA8、DlHDA9、lSRT1-1、DlSRT2、DlHDT1和DlHDT3均被不同程度地诱导表达。【结论】DlHDAC在进化过程中保守性与特异性并存,可能参与龙眼果实、种子及根的生长发育过程,并通过响应ABA、SA和GA3的表达来调控龙眼体胚发生。
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| 关 键 词： | 龙眼 去乙酰化酶基因 生物信息学分析 全基因组鉴定 实时荧光定量PCR |
Genome-wide identification and expression analysis of HDAC gene family in Dimocarpus longan Lour. |
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| LI Xiaofei,ZHANG Shuting,CHEN Xiaohui,SHEN Xu,JIANG Mengqi,LIU Pudong,CHEN Yukun,LIN Yuling,LAI Zhongxiong. Genome-wide identification and expression analysis of HDAC gene family in Dimocarpus longan Lour.[J]. Journal of Fruit Science, 2020, 0(6): 793-807 |
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| Authors: | LI Xiaofei ZHANG Shuting CHEN Xiaohui SHEN Xu JIANG Mengqi LIU Pudong CHEN Yukun LIN Yuling LAI Zhongxiong |
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| Affiliation: | (Institute of Horticultural Biotechnology,Fujian Agriculture and Forestry University,Fuzhou 350002,Fujian,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Longan Deacetylase gene Bioinformatics analysis Genome-wide identification Realtime quantitative PCR |
| 本文献已被 CNKI 维普 等数据库收录！ |
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