山羊TRPM1基因CDS区生物信息学分析

基于Gen Bank数据库中山羊TRPM1基因CDS区序列,使用Singnal P、TMHMM、Predict Protein、SWISS-MODEL、Prot Fun、PSORT等在线程序和DNAStar Lascrgene软件包预测TRPM1基因编码蛋白的结构和功能等,通过Clustal W进行序列比对,利用PHYML的最大似然法构建系统发育树,为该基因功能研究提供理论依据。结果表明,山羊TRPM1基因CDS区共编码1 634个氨基酸,无信号肽,含有6个跨膜区和较多的亲水区、柔韧区,抗原指数较高的区域与亲水区域的分布较为一致。二级结构以α螺旋和无规卷曲为主,大部分的氨基酸位点较为保守,可变区主要分布在近羧基端区。TRPM1蛋白主要在质膜中发挥运输和结合的作用,同时还作为运载体在细胞内发挥其生物学作用。系统进化情况和动物分类学基本一致,山羊和绵羊的亲缘关系最近。