| 基于RNA-seq技术筛选山羊卵泡发育相关下调基因 |
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| 引用本文： | 孟金柱,李鹏飞,许勤智,等. 基于RNA-seq技术筛选山羊卵泡发育相关下调基因[J]. 西北农林科技大学学报(自然科学版), 2020, 48(7): 9-16 |
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| 作者姓名： | 孟金柱 李鹏飞 许勤智 等 |
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| 作者单位： | 铜仁学院,山西农业大学 生命科学学院,铜仁学院 |
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| 基金项目： | 贵州省教育厅青年科技人才成长项目（黔教合KY字［2018］348）；铜仁市科技计划项目（铜市科研［2017］39号，铜市科研［2016］18号-1））；铜仁学院博士启动基金项目(trxyDH1601)；国家富民强县专项计划项目（黔科合成转字［2014］5202号）；沿河土家族自治县科技合作计划项目“沿河白山羊健康养殖技术研究与推广” |
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| 摘 要： | 【目的】对山羊优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)颗粒细胞进行高通量测序,筛选并研究与山羊卵泡发育相关的下调基因。【方法】以1岁龄贵州白山羊为供试对象,在其发情3 d后,采集第一卵泡波中的优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF),分别分离其颗粒细胞,提取RNA并进行文库构建、Illumina测序,将获得的序列与山羊的RefSeq数据库进行比对后,用DESeq2软件对获得的RNA进行差异表达分析,并对表达下调的基因进行GO分析和KEGG信号通路分析,最后通过Real-time PCR对筛选出的表达下调基因进行验证。【结果】将测序结果与山羊的RefSeq数据库比对后,共获得了33 896个基因。经DESeq2软件对获得的mRNA进行差异表达分析,共获得695个差异表达m-RNA,其中462个表达显著下调,233个表达则显著上调;对462个表达下调基因进行GO分析,共分为2大类39组,其中参与生物学过程(BP)的基因占48.7%;与细胞组分(CC)有关的基因占51.3%。KEGG信号通路分析发现20条通路,其中参与癌症通路基因富集最为显著。从下调基因中筛选出6个可能会抑制山羊卵泡发育的基因,分别为PTX3、LDLR、RGN、NID1、PDLIM5、PRLR。Real-time PCR结果显示,RGN、NID1、PDLIM5、PRLR在SF与DF中的表达趋势与高通量测序结果一致,且RGN在SF颗粒细胞中的表达量极显著高于DF(P0.01),NID1、PDLIM5在SF颗粒细胞中的表达量显著高于DF(P0.05);PTX3、LDLR在SF与DF中表达量与高通量测序结果相反。【结论】获得的6个表达下调基因在山羊卵泡发育过程中可能会抑制卵泡的发育,最终导致卵泡闭锁。
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| 关 键 词： | 山羊；卵泡发育；下调基因；高通量测序；卵泡闭锁；RNA-seq技术 |
| 收稿时间： | 2019-07-04 |
Screening down-regulated genes related to follicular development of goats based on RNA seq technology |
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| MENG Jinzhu,LI Pengfei and XU Qinzhi,et al. Screening down-regulated genes related to follicular development of goats based on RNA seq technology[J]. Journal of Northwest A&F University（Natural Science Edition）, 2020, 48(7): 9-16 |
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| Authors: | MENG Jinzhu LI Pengfei XU Qinzhi et al |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | goat follicular development down regulated genes high-throughput sequencing follicle atresia RNA-seq technology |
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