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天祝白牦牛转铁蛋白(Tf)基因克隆及生物信息学分析
摘    要:目的:克隆天祝白牦牛转铁蛋白(Transferrin,Tf)基因,并对其序列及蛋白进行遗传特性分析,为研究Tf生物学作用和生产应用提供理论依据。方法 :以成年天祝白牦牛肝脏组织为实验材料,根据牦牛Tf基因CDS区序列设计引物,利用PCR和逆转录PCR(reverse transcription,RT-PCR)技术克隆获得天祝白牦牛Tf基因编码区序列,并结合生物信息学方法分析其遗传特性。结果:PCR扩增获得了大小为2 115 bp的基因片段,为Tf基因的完整编码区,编码704个氨基酸,其N端有一个19个氨基酸组成的信号肽,含2个高度保守的同源结构域,N端结构域组成为第25到363位氨基酸(339aa),C端结构域组成为第364-693位氨基酸(330aa),两端结构域的同源性为42%;Tf基因编码的蛋白分子量为75.78 k Da,理论等电点为6.63。序列分析显示,克隆获得的Tf基因序列存在4个碱基的变异,第57位发生碱基转换(A←→G),第750位发生碱基转换(T←→C),为同义突变;第482位发生碱基转换(A←→T),第511位发生碱基转换(T←→C),为错义突变,引起第161、171位氨基酸发生改变(L→G、L→F)。DNAman软件进行氨基酸同源性分析表明,天祝白牦牛Tf基因氨基酸序列与野牦牛、牛、水牛、藏羚羊、绵羊、野猪、人、鼠、鸡和鱼Tf氨基酸序列间的同源性分别为100%、99%、96%、94%、93%、75%、69%、64%、51%、39%,说明天祝白牦牛Tf蛋白与其他物种同源,与牛类进化水平较为接近,与鸡和鱼类进化水平较远。同源建模预测Tf三级结构模型显示,天祝白牦牛Tf三级结构是在二级结构基础上经肽链折叠形成2个邻近相似的N端、C端结构域,N端结构域含N1、N2两个亚基,C端结构域含C1、C2两个亚基。结论:从天祝白牦牛肝脏组织中提取总RNA,克隆获得Tf基因编码区全长序列,并揭示了其分子遗传特性,为牦牛Tf蛋白基因工程和蛋白质功能的研究奠定了基础。

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