| 基于转录组数据的铜藻微卫星标记开发与验证 |
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| 引用本文： | 刘颖,张鹏,王铁杆,张敏,任鹏,钟晨辉,胡程睿. 基于转录组数据的铜藻微卫星标记开发与验证[J]. 上海海洋大学学报, 2019, 28(4): 542-549 |
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| 作者姓名： | 刘颖 张鹏 王铁杆 张敏 任鹏 钟晨辉 胡程睿 |
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| 作者单位： | 浙江省海洋水产养殖研究所, 浙江 温州 325005;浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室, 浙江 温州 325005,浙江省海洋水产养殖研究所, 浙江 温州 325005;浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室, 浙江 温州 325005,浙江省海洋水产养殖研究所, 浙江 温州 325005;浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室, 浙江 温州 325005,浙江省海洋水产养殖研究所, 浙江 温州 325005;浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室, 浙江 温州 325005,浙江省海洋水产养殖研究所, 浙江 温州 325005;浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室, 浙江 温州 325005,福建省水产研究所, 福建 厦门 361000,浙江省海洋水产养殖研究所, 浙江 温州 325005;浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室, 浙江 温州 325005 |
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| 基金项目： | 国家海洋公益性行业科研专项（201105008-4）；浙南沿海铜藻海藻场建设与生态修复技术示范项目（浙海渔计〔2010〕205号）；国家产业技术体系建设任务书（CARS-50） |
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| 摘 要： | 根据铜藻转录组测序数据来进行微卫星标记的发掘,共获得2 800个微卫星位点。二碱基重复出现的次数最多,占32.82%,其次是三碱基重复,占25.21%;在所有重复单元类型中,AC/GT出现频率最高,占9.18%;重复序列的长度则主要集中在12～20 bp,占72.79%;重复次数主要集中在5～10次,占74.14%。随机选取74对引物进行验证,最终获得18个具有多态性的微卫星标记。对31株铜藻个体进行检测和评价,共扩增得到43个等位基因,每个位点平均等位基因数为2.39,平均有效等位基因数为1.91,平均观测杂合度(H_o)为0.318,平均期望杂合度(H_e)为0.449,平均多态信息含量(PIC)为0.365,在18个位点中有11个显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。开发的微卫星标记为后续铜藻多样性、起源和迁移等遗传学问题研究提供了有力支撑。
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| 关 键 词： | 铜藻 转录组 微卫星标记 |
| 收稿时间： | 2018-06-29 |
| 修稿时间： | 2019-01-07 |
Development and verification of SSR based on transcriptome of Sargassum horneri |
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| LIU Ying,ZHANG Peng,WANG Tiegan,ZHANG Min,REN Peng,ZHONG Chenhui and HU Chengrui. Development and verification of SSR based on transcriptome of Sargassum horneri[J]. Journal of Shanghai Ocean University, 2019, 28(4): 542-549 |
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| Authors: | LIU Ying ZHANG Peng WANG Tiegan ZHANG Min REN Peng ZHONG Chenhui HU Chengrui |
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| Affiliation: | Zhejiang Mariculture Research Institute, Wenzhou 325005, Zhejiang, China;Zhejiang Key Laboratory of Exploitation and Preservation of Coastal Bio-resource, Wenzhou 325005, Zhejiang, China,Zhejiang Mariculture Research Institute, Wenzhou 325005, Zhejiang, China;Zhejiang Key Laboratory of Exploitation and Preservation of Coastal Bio-resource, Wenzhou 325005, Zhejiang, China,Zhejiang Mariculture Research Institute, Wenzhou 325005, Zhejiang, China;Zhejiang Key Laboratory of Exploitation and Preservation of Coastal Bio-resource, Wenzhou 325005, Zhejiang, China,Zhejiang Mariculture Research Institute, Wenzhou 325005, Zhejiang, China;Zhejiang Key Laboratory of Exploitation and Preservation of Coastal Bio-resource, Wenzhou 325005, Zhejiang, China,Zhejiang Mariculture Research Institute, Wenzhou 325005, Zhejiang, China;Zhejiang Key Laboratory of Exploitation and Preservation of Coastal Bio-resource, Wenzhou 325005, Zhejiang, China,Fisheries Research Institute of Fujian Province, Xiamen 361000, Fujian, China and Zhejiang Mariculture Research Institute, Wenzhou 325005, Zhejiang, China;Zhejiang Key Laboratory of Exploitation and Preservation of Coastal Bio-resource, Wenzhou 325005, Zhejiang, China |
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