利用高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃纤毛虫种群结构

本试验旨在应用高通量测序技术研究川中黑山羊瘤胃纤毛虫种群结构。选取3只4月龄川中黑山羊[体重(15.53±0.21)kg],正常饲喂20 d后采集瘤胃液(A)样品,间隔40 d后再次采集瘤胃液(F)样品,提取样品总DNA后,扩增真核生物18S rRNA V4区,扩增产物使用Illumina MiSeq平台测序。结果表明:1)共获得高质量有效序列242 321条,聚类后得1 650个操作分类单位(OTU)。2)A样品、F样品在alpha多样性Chao、ACE、Shannon和Simpson指数上,差异不显著(P0.05)。3)在纲水平分类上,2个时间点样品相对丰度最高的均为纤毛门,侧口纲(A样品为46.0%、F样品为44.7%),2个样品的相对丰度差异不显著(P0.05)。4)在科水平分类上,A样品优势科为头毛科(31.8%),其次为均毛科(14.2%);F样品优势科为头毛科(42.8%);并且F样品头毛科相对丰度显著高于A样品(P0.05),A样品均毛科相对丰度显著高于F样品(P0.05)。5)在属水平分类上,A样品与F样品相对丰度最高的属均为多加多泡双毛属(A样品为20.9%、F样品为25.4%),无显著差异(P0.05);存在显著性差异的属是均毛属、头毛属、腹甲双毛属、刺甲双毛属相对丰度,其中A样品均毛属(14.1%vs.1.9%)、腹甲双毛属相对丰度(2.8%vs.1.5%)显著高于F样品(P0.05),而头毛属(6.7%vs.12.5%)、刺甲双毛属相对丰度(0.3%vs.2.5%)显著低于F样品(P0.05)。本试验结果表明,幼龄川中黑山羊瘤胃液纤毛虫相对丰度最高的种属为多加多泡双毛属,瘤胃中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的真核生物,需要进一步研究