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羊口疮病毒感染对山羊皮肤成纤维细胞circRNA表达谱的影响
作者姓名:庞峰
基金项目:贵州省科学技术基金(自然科学)资助项目(黔科合基础-ZK[2022]一般093);
摘    要:旨在探究羊口疮病毒(orf virus,ORFV)感染对山羊皮肤成纤维细胞(goat skin fibroblast,GSF)环状RNA(circular RNA,circRNA)表达谱的影响。以ORFV感染的GSF和未感染细胞为对象构建6个cDNA文库进行转录组测序,利用生物信息学方法进行circRNA鉴定、circRNA差异表达分析、差异circRNA的GO和KEGG功能富集分析,最后挑选9个差异circRNA进行qPCR和Sanger测序验证。结果发现,在未感染组和感染组分别鉴定到9 979和10 844个circRNA,共有151个circRNA差异表达,其中59个circRNA表达上调,92个circRNA表达下调;GO富集分析表明,差异circRNA主要富集在炎症应答、上皮结构维持、细胞迁移正调控、泛素蛋白转移酶活性等生物学过程;KEGG富集分析表明,差异circRNA主要富集在紧密连接、黏着斑、血管平滑肌收缩、内吞作用、细胞因子受体相互作用等信号通路;circRNA1001,circRNA1684,circRNA3127和circRNA788表达量与转录组测序结果一致。本...

关 键 词:羊口疮病毒  山羊皮肤成纤维细胞  环状RNA  差异表达  GO和KEGG富集分析
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