广东地区1株猪非典型瘟病毒的鉴定及遗传演化分析

猪非典型瘟病毒(atypical porcine pestivirus, APPV)是引起仔猪先天性震颤(congenital tremor, CT)的主要病原，给养猪业带来严重的经济损失。为了解APPV在广东地区猪群的流行和变异情况，本研究于2018—2019年从广东地区采集12份疑似CT的病料样品，通过RT-PCR对APPV进行检测，并对APPV阳性的病料样品通过PCR扩增其全长基因组序列并测序，同时对其ORF和E2基因的同源性、遗传进化关系及E2蛋白氨基酸分子特征进行分析。结果显示，有3份样品为APPV阳性，进一步对其中1份阳性样品通过全基因组PCR扩增得到1条长度为10 989 bp的APPV全长序列，命名为APPV-China/GD-ZK/2018(GD-ZK)。GD-ZK与参考毒株ORF和E2基因的核苷酸同源性分别为80.7%～99.7%,80.8%～99.9%,其中与APPV/CNYJ/2018的同源性最高。分别对GD-ZK株的ORF和E2基因进行遗传演化分析，结果显示，根据遗传进化关系可将APPV划分为Genotype 1、Genotype 2和Genotype 3三种...