梅山猪和杜洛克猪卵泡中差异表达lncRNA克隆鉴定及与miRNAs相关性分析 |
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引用本文: | 张化鹏,张庆泽,何凡,祁梦凡,符彬彬,李清春,李梦寻,马力鹏,刘乙,黄涛.梅山猪和杜洛克猪卵泡中差异表达lncRNA克隆鉴定及与miRNAs相关性分析[J].中国农业科学,2024(9):1807-1819. |
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作者姓名: | 张化鹏 张庆泽 何凡 祁梦凡 符彬彬 李清春 李梦寻 马力鹏 刘乙 黄涛 |
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作者单位: | 1. 石河子大学动物科技学院;2. 新疆生猪种业工程技术研究中心 |
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基金项目: | 国家自然科学基金(31960645); |
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摘 要: | 【目的】通过克隆鉴定梅山猪和杜洛克猪卵泡期第4天M2卵泡中差异表达的lncRNA-ALDBSSCT0000005583,分析其在猪颗粒细胞与miRNAs表达量的相关性,为探究lncRNA调控miRNA在母猪卵泡发育过程中的作用提供理论依据。【方法】对课题组前期在梅山和杜洛克M2卵泡中筛选出的差异表达lncRNA-ALDBSSCT0000005583,进行RT-qPCR验证,并利用RACE克隆其全长序列;根据编码潜力评估工具CPAT、CPC对该lncRNA的编码能力进行预测,原核表达试验进一步鉴定其编码能力;核质分离试验对lncRNA-ALDBSSCT0000005583进行亚细胞定位,RT-qPCR检测其在各组织中的表达水平;利用miRBase网站查找猪的miRNA数据库,结合RNAhybrid、miRanda在线软件预测与lncRNA-ALDBSSCT0000005583有相互作用的物种间保守miRNA,使用TargetScan和miRanda预测与lncRNA-ALDBSSCT0000005583具有相互作用miRNA的靶基因,并对其靶基因进行GO富集和KEGG信号通路分析;通过过...
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关 键 词: | lncRNA-ALDBSSCT0000005583 猪 卵泡 颗粒细胞 miR-193a-5p miR-361-3p |
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