| 白斑狗鱼早期发育阶段的耐热性及耐热性状关联SNP筛选 |
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| 引用本文： | 海萨·艾也力汗,贺疆滔,张钰,李晓东,沈玉帮. 白斑狗鱼早期发育阶段的耐热性及耐热性状关联SNP筛选[J]. 中国水产科学, 2023, 30(6): 677-684 |
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| 作者姓名： | 海萨·艾也力汗 贺疆滔 张钰 李晓东 沈玉帮 |
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| 作者单位： | 新疆维吾尔自治区水产科学研究所 新疆维吾尔自治区 乌鲁木齐 830000;上海海洋大学水产与生命学院 上海 201306 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(32060826). |
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| 摘 要： | 为了解白斑狗鱼(Esox lucius)早期不同发育阶段的热耐受性, 为其耐热性状的改良提供合适的分子标记, 本研究首先采用耐热性(upper thermal tolerance, UTT)作为评定指标, 对 UTT 进行方差分析, 比较分析了白斑狗鱼不同发育阶段的热耐受性。使用 GBS (genotyping-by-sequencing)技术获得两个极端组的耐热性状相关简化基因组测序数据集, 进而对耐热性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS), 发掘白斑狗鱼耐热性状关联的 SNP 标记。结果发现, 白斑狗鱼早期不同发育阶段的耐热性有极显著的差异(P＜0.01), 幼鱼期的耐热性最高, 其次为稚鱼期, 仔鱼期耐热性最低。联合 FarmCPU 和 Blink 模型进行了 GWAS 分析, 发现 5 个 SNPs 与白斑狗鱼耐热性状的关联性均达到了极显著水平(FDR P-value＜0.01), 分别位于 clstn2、MAPK14、VAPA 等基因的内含子和 ANKS1B 基因 5ʹ端非翻译区。这些基因直接或间接与刺激和应激反应相关。本研究初步筛选出与白斑狗鱼耐高温性状关联的候选 SNPs 和相关基因, 为今后研究白斑狗鱼在应对高温胁迫时的生理机制和分子机制提供参考, 为白斑狗鱼耐高温性状的改良提供了科学依据。
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| 关 键 词： | 白斑狗鱼； 早期发育阶段； 耐热性； GWAS； SNPs |
| 收稿时间： | 2023-03-10 |
| 修稿时间： | 2023-05-16 |
Heat resistance and screening of heat resistance-associated SNPs in the early development stage of Esox lucius |
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| Affiliation: | Xinjiang Fishery Research Institute, Urumqi 830000 , China; College of Fisheries and Life Science, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306 , China |
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