| 基于转录组序列的叶用芥菜奶奶青菜EST-SSR标记开发与遗传多样性分析 |
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| 引用本文： | 马杰,屈雯,陈春艳,王磊,马俊,刘针杉,马维,周平,何远宽,孙勃. 基于转录组序列的叶用芥菜奶奶青菜EST-SSR标记开发与遗传多样性分析[J]. 浙江农业学报, 2021, 33(9): 1640. DOI: 10.3969/j.issn.1004-1524.2021.09.08 |
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| 作者姓名： | 马杰 屈雯 陈春艳 王磊 马俊 刘针杉 马维 周平 何远宽 孙勃 |
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| 作者单位： | 1.毕节市农业科学研究所,贵州 毕节 5517002.四川农业大学 园艺学院,四川 成都 611130 |
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| 基金项目： | 贵州省科技厅科技支撑计划(黔科合支撑〔2018〕2372-1);贵州省科技厅科技支撑计划(黔科合支撑〔2018〕2372-2);贵州省人才办项目(RCJD2020-7);贵州省科技厅高层次创新型人才项目(毕科人才合字〔2021〕02号) |
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| 摘 要： | 为了探究叶用芥菜奶奶青菜资源的多样性水平,基于转录组数据研究了奶奶青菜简单重复序列标记(EST-SSR)特征,筛选了适合奶奶青菜的EST-SSR引物,并分析了奶奶青菜的遗传多样性。转录组测序分析共获得46 386条非冗余基因(unigene),其中13 544条unigene序列中含有18 720个简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)位点,SSR的发生频率为29.20%,平均每2.73 kb出现1个SSR,分布频率为40.36%。优势重复序列为单核苷酸,占总SSR数量的49.39%,其次为三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR数量的25.44%和24.13%。AT、AGCT和AAG/CTT分别是单核苷酸、二核苷酸以及三核苷酸的优势重复基元。以30份奶奶青菜和5份其他芸薹属蔬菜为材料,从37对引物中筛选出17对多态性引物,扩增得到135条多态性条带,多态性比例达88.2%。遗传多样性分析结果显示,平均等位基因数(Na)为5.705 9,平均有效等位基因数(Ne)为2.397 8,平均多样性指数(I)为1.036 1,平均观察杂合度(Ho)为0.312 1,平均期望杂合度(He)为0.530 0,平均Nei’s期望杂合度为0.521 9,表明筛选出的17对SSR引物具有较好的遗传多样性。通过非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means, UPGMA)聚类分析,在相似系数为0.677处可将30份叶用芥菜奶奶青菜材料分为3类。试验结果可为叶用芥菜奶奶青菜的种质资源鉴定、亲缘关系分析和分子标记辅助育种等研究提供引物支持和技术参考。
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| 关 键 词： | 奶奶青菜 分子标记 转录组 遗传多样性 |
| 收稿时间： | 2020-11-05 |
Development of SSR markers based on transcriptome sequencing and genetic diversity analysis of Nainaiqingcai leaf mustard |
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| MA Jie,QU Wen,CHEN Chunyan,WANG Lei,MA Jun,LIU Zhenshan,MA Wei,ZHOU Ping,HE Yuankuan,SUN Bo. Development of SSR markers based on transcriptome sequencing and genetic diversity analysis of Nainaiqingcai leaf mustard[J]. Acta Agriculturae Zhejiangensis, 2021, 33(9): 1640. DOI: 10.3969/j.issn.1004-1524.2021.09.08 |
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| Authors: | MA Jie QU Wen CHEN Chunyan WANG Lei MA Jun LIU Zhenshan MA Wei ZHOU Ping HE Yuankuan SUN Bo |
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| Affiliation: | 1. Bijie Institute of Agricultural Science, Bijie 551700, China
2. College of Horticulture, Sichuan Agricultural University, Chengdu 611130, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | |
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