基于采后转录组的香菇密码子偏好性分析 |
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引用本文: | 邓 冰,贾鸥阳,杨雨娴,孟俊龙,常明昌,刘靖宇. 基于采后转录组的香菇密码子偏好性分析[J]. 保鲜与加工, 2022, 22(8): 8-15 |
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作者姓名: | 邓 冰 贾鸥阳 杨雨娴 孟俊龙 常明昌 刘靖宇 |
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作者单位: | 1. 山西农业大学食品科学与工程学院,山西 晋中 030801;2. 山西省食用菌工程技术研究中心,山西 晋中 030801;3. 黄土高原食用菌山西省重点实验室,山西 晋中 030801 |
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基金项目: | 国家自然科学基金(32102053);山西省应用基础研究计划面上青年基金(201901D211380);山西农业大学博士启动基金(2020BQ13);农业农村部农产品贮藏保鲜重点实验室开放基金(Kf2022005) |
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摘 要: | 以香菇基因组数据为基础,对其细胞核基因组的密码子偏好性及偏好性形成因素进行分析。香菇细胞核编码基因的GC含量为48.66%,同义密码子第3位中碱基T(T3s)的出现频率最高(36.07%),同时高表达基因的GC、GC3以及GC3s含量均显著高于基因组水平;相关性分析结果显示基因表达与序列C3s含量、GC3、GC3s、GC含量、C含量以及CAI呈显著正相关;香菇基因组编码序列中共29个高频密码子,结合转录组筛选高表达和低表达基因的基础上鉴定出16个最优密码子;偏好性形成影响因素分析表明,香菇基因组密码子偏好性形成受中性突变和选择压力影响。本研究可以为采后香菇关键基因功能解析,开展香菇采后品质劣变机制研究提供参考。
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关 键 词: | 香菇 细胞核基因组 密码子偏好性 影响因素 最优密码子 |
Codon Usage Analysis of the Genome-Wide Genes Encoded in Postharvest Lentinula edodes Based on Transcriptome Data |
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Abstract: | |
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Keywords: | Lentinula edodes nuclear genome codon usage bias influence factor optimal codon |
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