| 甜瓜CmCIPK家族全基因组鉴定和逆境条件下的表达分析 |
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| 引用本文： | 熊雪,赵丽娜,杨森林,SAMIAH Arif,张屹东. 甜瓜CmCIPK家族全基因组鉴定和逆境条件下的表达分析[J]. 浙江农业学报, 2021, 33(9): 1625. DOI: 10.3969/j.issn.1004-1524.2021.09.07 |
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| 作者姓名： | 熊雪 赵丽娜 杨森林 SAMIAH Arif 张屹东 |
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| 作者单位： | 上海交通大学 农业与生物学院,上海 200240 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31372079) |
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| 摘 要： | 为探究甜瓜CIPK(CBL-interacting protein kinase)基因家族成员的生物学功能,以拟南芥中26个CIPKs的氨基酸序列为参照,用BLASTP方法鉴定了18个甜瓜CIPK家族成员,并对其理化性质、染色体分布、系统进化、基因结构、蛋白保守基序、顺式元件,以及基因的表达模式进行了分析。结果显示,CIPK基因家族成员的基因长度为1 499~8 499 bp,它们不均匀地分布在甜瓜的9条染色体上;根据进化关系可将其分为5个亚家族,分别包含了26、10、25、26和8个成员,并且其中有4个CmCIPK基因对发生了片段复制。基因结构分析表明,10个基因为内含子缺失型,8个基因为内含子富集型。蛋白保守基序分析发现,CmCIPK家族保守性较好,所有成员均含有CIPK家族的典型特征:N端激酶域中的激活环和C端调节域中的NAF/FISL结构域。在基因上游的2 000 bp序列中存在多个与植物激素和逆境相关的顺式元件,显示可能有多种转录调控。转录组分析发现,CmCIPKs的组织表达量整体表现为叶>根>雄花>雌花>果。选择CmCIPK1-like和CmCIPK12-like基因验证其组织表达模式,显示分别在叶和雄花中的表达量最高。对其进行不同逆境处理,结果表明,这2个CmCIPK基因受NaCl和脱落酸(ABA)诱导表达;在干旱处理中,这2个基因经历短时间的上调或下调后恢复至最初表达水平。以上结果说明,CmCIPK1-like和CmCIPK12-like基因可能在ABA和非生物胁迫中发挥着重要作用,可为以后CmCIPK的功能研究提供参考。
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| 关 键 词： | 甜瓜 CIPK家族 全基因组分析 表达模式 非生物胁迫 |
| 收稿时间： | 2020-11-10 |
Genome-wide identification of CmCIPK family and its expression analysis under abiotic stress in melon |
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| XIONG Xue,ZHAO Lina,YANG Senlin,SAMIAH Arif,ZHANG Yidong. Genome-wide identification of CmCIPK family and its expression analysis under abiotic stress in melon[J]. Acta Agriculturae Zhejiangensis, 2021, 33(9): 1625. DOI: 10.3969/j.issn.1004-1524.2021.09.07 |
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| Authors: | XIONG Xue ZHAO Lina YANG Senlin SAMIAH Arif ZHANG Yidong |
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| Affiliation: | College of Agriculture and Biology, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai 200240, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | melon (Cucumis melo L.) CIPK family genome-wide analysis expression patern abiotic stress |
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