| 黑果枸杞转录组SSR信息分析及分子标记开发 |
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| 引用本文： | 尹跃,安巍,赵建华,王亚军,樊云芳,曹有龙. 黑果枸杞转录组SSR信息分析及分子标记开发[J]. 浙江农林大学学报, 2019, 36(2): 422-428. DOI: 10.11833/j.issn.2095-0756.2019.02.025 |
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| 作者姓名： | 尹跃 安巍 赵建华 王亚军 樊云芳 曹有龙 |
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| 作者单位： | 宁夏农林科学院 国家枸杞工程技术研究中心, 宁夏 银川 750002 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目31760218一二三产业融合发展农业技术推广示范项目YES-16-0405宁夏农林科学院科技创新先导资金项目NKYZ-16-0405宁夏农林科学院科技创新先导资金项目NKYJ-17-17 |
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| 摘 要： | 分析黑果枸杞Lycium ruthenicum转录组中简单重复序列（SSR）位点信息，开发SSR分子标记。采用MISA软件在黑果枸杞转录组中共检测到73 896个SSR位点，分布于56 170条单基因簇（unigenes）中，出现频率为26.36%，平均分布距离为3.55 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸，分别占总SSR位点的74.33%，13.30%和11.81%；共发现84种重复基序，重复次数为5~33次，其中出现频率最高的基序为A/T，AG/CT，AT/AT，C/G和AAC/GTT。针对SSR位点设计了12 674对引物，随机挑选128对引物进行多态性验证，其中74对（57.8%）得到清晰的扩增产物；用其中的28对高多态性引物对24份枸杞种质进行扩增，共检测到等位基因256个，平均为9.1个。平均主效等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息量分别为0.432，0.439，0.712和0.678。以上结果表明:基于黑果枸杞转录组测序得到的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源，获得的大批量SSR标记可为枸杞遗传多样性分析和遗传图谱构建提供可靠的标记选择。
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| 关 键 词： | 林木育种学 黑果枸杞 转录组 简单重复序列（SSR） |
| 收稿时间： | 2018-03-14 |
SSR information in transcriptome and development of molecular markers in Lycium ruthenicum |
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| YIN Yue,AN Wei,ZHAO Jianhua,WANG Yajun,FAN Yunfang,CAO Youlong. SSR information in transcriptome and development of molecular markers in Lycium ruthenicum[J]. Journal of Zhejiang A&F University, 2019, 36(2): 422-428. DOI: 10.11833/j.issn.2095-0756.2019.02.025 |
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| Authors: | YIN Yue AN Wei ZHAO Jianhua WANG Yajun FAN Yunfang CAO Youlong |
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| Affiliation: | National Wolfberry Engineering Research Center, Ningxia Academy of Agriculture and Forestry Sciences, Yinchuan 750002, Ningxia, China |
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