黑果枸杞转录组SSR信息分析及分子标记开发

分析黑果枸杞Lycium ruthenicum转录组中简单重复序列（SSR）位点信息，开发SSR分子标记。采用MISA软件在黑果枸杞转录组中共检测到73 896个SSR位点，分布于56 170条单基因簇（unigenes）中，出现频率为26.36%，平均分布距离为3.55 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸，分别占总SSR位点的74.33%，13.30%和11.81%；共发现84种重复基序，重复次数为5~33次，其中出现频率最高的基序为A/T，AG/CT，AT/AT，C/G和AAC/GTT。针对SSR位点设计了12 674对引物，随机挑选128对引物进行多态性验证，其中74对（57.8%）得到清晰的扩增产物；用其中的28对高多态性引物对24份枸杞种质进行扩增，共检测到等位基因256个，平均为9.1个。平均主效等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息量分别为0.432，0.439，0.712和0.678。以上结果表明:基于黑果枸杞转录组测序得到的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源，获得的大批量SSR标记可为枸杞遗传多样性分析和遗传图谱构建提供可靠的标记选择。