| 黑麦GIF基因家族全基因组鉴定及其表达分析 |
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| 引用本文： | 杨赟杰,苗 涵,魏 莱,杨燕萍,车永和.黑麦GIF基因家族全基因组鉴定及其表达分析[J].麦类作物学报,2023(6):696-704. |
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| 作者姓名： | 杨赟杰 苗 涵 魏 莱 杨燕萍 车永和 |
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| 作者单位： | （河北省作物逆境生物学重点实验室/河北科技师范学院农学与生物科技学院，河北秦皇岛 066600） |
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| 基金项目： | 河北省自然科学基金项目(C2019407074)；河北省科技厅重点研发项目(21326340D)；河北省属高校基本科研业务费项目（2022JK04） |
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| 摘 要： | 生长调节互作因子(GRF-interacting factor, GIF)是植物体内一类转录共激活因子，在植物生长发育过程中起重要作用。为挖掘和利用黑麦GIF家族基因，利用同源比对方法对黑麦GIF基因家族进行了鉴定，并系统分析了黑麦与其他禾本科植物及模式植物拟南芥GIF基因的系统发育关系、蛋白结构域、基因结构和共线性关系。结果显示，在黑麦基因组中共鉴定到3个GIF基因家族成员，分布在4R和5R染色体上；系统进化分析发现，黑麦GIF基因家族成员与小麦和大麦的亲缘关系更近。蛋白结构域和基因结构分析发现，GIF基因家族成员在黑麦及其他禾本科植物中的蛋白结构域和基因结构相对保守，均含有4个外显子。共线性分析发现，黑麦ScGIF1基因与其他禾本科植物GIF基因间均存在共线性关系，其中与小麦间共线基因数最多。Ka/Ks分析发现，黑麦GIF基因家族成员在进化中受到纯化选择。此外，在黑麦穗部鉴定到一个特异性高表达的GIF基因(ScGIF1),其编码的蛋白含有多个磷酸化位点，推测ScGIF1蛋白可能是通过磷酸化来调控黑麦麦穗的发育和粒型的。
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| 关 键 词： | 黑麦 GIF基因家族 生物信息学分析 |
Genome-Wide Identification and Comparative Analysis of GIF Gene Family in Rye |
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| YANG Yunjie,MIAO Han,WEI Lai,YANG Yanping,CHE Yonghe.Genome-Wide Identification and Comparative Analysis of GIF Gene Family in Rye[J].Journal of Triticeae Crops,2023(6):696-704. |
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| Authors: | YANG Yunjie MIAO Han WEI Lai YANG Yanping CHE Yonghe |
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| Institution: | (Hebei Key Laboratory of Crop Stress Biology / College of Agronomy and Biotechnology, Hebei Normal University of Science and Technology, Qinhuangdao, Hebei 066600, China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Rye GIF gene family Bioinformatics analysis |
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