冷胁迫下普通油茶CCCH型锌指蛋白基因家族的鉴定和分析

【目的】为挖掘和利用耐寒普通油茶Camellia oleifera遗传资源提供参考。【方法】基于普通油茶的冷胁迫转录组数据，对其CCCH型锌指蛋白基因进行鉴定，并对CCCH型锌指蛋白进行理化性质分析、系统发育分析、保守结构域预测、二级结构预测等相关生物信息学分析，并以庐山高海拔油茶(LSG)和栽培油茶品种赣无1(GW1)为材料，对CCCH型锌指蛋白基因在冷胁迫下的表达情况进行分析。【结果】在普通油茶的冷胁迫转录组数据中共鉴定到24个CCCH型锌指蛋白基因，参考水稻分类方法，将24个CCCH型锌指蛋白聚类到2个亚家族中。保守基序分析结果表明，在24个基因中仅有3种CCCH型锌指蛋白基序类型，即C-X8-C-X5-CX3-H、C-X7-C-X5-C-X3-H和C-X5-C-X4-C-X3-H，数目分别为92、4和4。转录组表达谱分析结果表明：在野外冷胁迫试验中CoC3H17基因在D4、D5和D6时期的表达量高于D1、D2和D3时期，在室内冷胁迫试验中庐山高海拔油茶和赣无1的CoC3H17基因一直表现为更高的转录本丰度；CoC3H14和CoC3H24基因在野外试验的D4、D5和D6时期均表现...