| 基于AVX指令集BWT算法在DNA序列比对中应用 |
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| 引用本文： | 孙红敏,杜博雅,郑萍,李东野,曹延杰,侯星辰.基于AVX指令集BWT算法在DNA序列比对中应用[J].东北农业大学学报,2016(11):93-99. |
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| 作者姓名： | 孙红敏 杜博雅 郑萍 李东野 曹延杰 侯星辰 |
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| 作者单位： | 1. 东北农业大学电气与信息学院,哈尔滨,150030;2. 武汉理工大学计算机科学与技术学院,武汉,430070 |
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| 基金项目： | 国家“863计划”项目(2013AA10230304) |
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| 摘 要： | 新一代高通量测序技术发展产生大规模DNA序列片段,快速准确地将短序列比对到参考基因组成为生物信息学重要研究课题之一。针对BWT索引技术序列比对算法研究,提出基于Intel微架构AVX指令集优化BWT算法,通过改进计算方式实现算法并优化。结果表明,应用AVX指令集可减少CPU访存次数,降低算法时间复杂度,提高序列比对效率,为基因数据分析提供更高效快速序列比对方法,加快对全基因组序列处理。
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| 关 键 词： | 序列比对 AVX指令集 BWT算法 并行优化 |
BWT algorithm based on AVX instructions in the application of the DNA sequence alignment |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | sequence alignment AVX instruction BWT index parallel optimization |
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