杨树NRAMP基因家族全基因组鉴定与生物信息学分析

为研究杨树自然抗性相关巨噬细胞蛋白(NRAMP)家族成员的结构和功能，利用生物信息学方法，从杨树全基因组数据库中筛选并鉴定NRAMP家族基因序列，并对该家族成员的理化性质、二级结构、基因结构、保守基序、染色体定位、进化树和组织表达量进行分析。结果表明：从杨树基因组中共鉴定出6个NRAMP基因家族成员，编码的氨基酸数量差异较大，为503～1 310,亚细胞定位表明其均在质膜上，各个成员跨膜结构数量在10～12。PNT31315的二级结构以无规则卷曲为主，其他家族成员主要的二级结构为α-螺旋。进化树分析表明，杨树NRAMP家族基因全部聚类于第3类，且与玉米、高粱、甘蔗和水稻皆有相似基因，不存在物种特异性。染色体定位分析表明，该家族各基因在染色体上分散分布，只有PNT48459和PNT49289两个基因分布在一个染色体上，且不存在串联重复和片段复制基因。蛋白功能预测结果显示，PNT48459和PNT52668可能与植物金属耐受蛋白结合参与金属离子的吸收与转运，PNT31315可能参与植物激素信号转导。PNT48459、PNT37313和PNT31315在主根中的表达量较高，推测其参与重金属吸...