大花香水月季叶绿体基因组密码子使用偏性分析

以大花香水月季叶绿体基因组为研究对象,利用codonW等软件,通过分析大花香水月季叶绿体基因组54个基因密码子的使用偏性,探讨影响密码子偏好性形成的主要因素。结果表明:1)中性绘图分析显示GC3与GC12的相关系数为0.141,不显著相关,说明密码子第1、2位与第3位碱基组成变异无明显关联。2)ENC绘图分析显示,期望值曲线下方分布了大部分基因,偏性较强,而仅少量基因沿曲线分布或在曲线附近,偏性较弱。3)基于RSCU的对应性分析表明,第1轴能够解释基因总变异的10.35%,第1轴与CAI、CBI呈负显著相关。4)PR2-plot分析显示,密码子第3位碱基的使用存在偏性,嘧啶比嘌呤使用更为频繁。5)最终确定了TTT、CTT和TCA等13个最优密码子,且均以A或T结尾。综上所述,大花香水月季叶绿体基因组密码子的使用受突变影响较弱,更多地受到如选择压力等其他因素的影响。