黄瓜全基因组SnRK2基因的鉴定和序列特征分析 |
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引用本文: | 李利斌,曹齐卫,张允楠,孙小镭.黄瓜全基因组SnRK2基因的鉴定和序列特征分析[J].核农学报,2014(5). |
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作者姓名: | 李利斌 曹齐卫 张允楠 孙小镭 |
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作者单位: | 山东省农业科学院蔬菜花卉研究所/山东省设施蔬菜生物学重点实验室/国家蔬菜改良中心山东分中心;山东农业大学园艺科学与工程学院; |
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基金项目: | 现代农业产业技术建设基金(CARS-25);十二五科技支撑项目(2012BAD02B03) |
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摘 要: | 植物SnRK2基因在逆境应答和ABA信号转导及生长发育过程中具有重要功能。但是有关黄瓜(cucumis satovus L.)SnRK2全基因组水平的研究鲜见报道。本文利用生物信息学的方法从黄瓜基因组中鉴定出9个SnRK2基因,并对这些基因的染色体分布、内含子-外显子结构、系统进化、顺式调控元件等进行了系统分析。结果显示,黄瓜的SnRK2基因不均匀地的分布在基因组中,它们的外显子多数为9,编码区序列长度在909-1140bp之间。它们在遗传上分为3个不同的类群,预测编码的蛋白都具有激酶的典型结构。而且,在SnRK2基因上游调控序列中都含有多个不同激素和逆境应答顺式元件,预示它们在逆境应答和激素信号转导过程中具有一定功能。本文为进一步研究黄瓜SnRK2基因在逆境和激素应答中的功能奠定了基础。
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关 键 词: | 黄瓜 蔗糖非发酵因子相关蛋白激酶 基因组分布 遗传进化 序列特征分析 |
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