芒果果实转录组数据组装及基因功能注释 |
| |
引用本文: | 武红霞,许文天,罗纯,姚全胜,王松标,马小卫,詹儒林.芒果果实转录组数据组装及基因功能注释[J].热带作物学报,2016,37(11):2191-2198. |
| |
作者姓名: | 武红霞 许文天 罗纯 姚全胜 王松标 马小卫 詹儒林 |
| |
作者单位: | 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所 农业部热带果树生物学重点实验室,广东湛江,524091 |
| |
基金项目: | 农业行业科研专项子项目(No. 201203092-3);广东省自然科学基金-粤西北创新人才专项(No. 2016A030307006)。 |
| |
摘 要: | 以红芒6号为试材,对生长发育各时期果皮与果肉样品提取RNA后等量混合进行转录组测序,共获得了68 419 722个reads,包含6 157 744 980个核苷酸序列信息,平均读长90 bp,序列信息全部登陆NCBI数据库(SRP035450)。对reads进行拼接,共获得124 002个Contig片段,进一步组装获得54 207个Unigene片段,平均长度为838 bp,阈值小于10-5的序列中共有42 515(78.43%)个unigenes被注释到公共蛋白数据库。其中,35 198个被注释到生物学过程、分子功能和细胞组分GO类别的44个功能组,14 619个Unigene匹配到25类COG功能组,23 741个Unigene被富集到128个KEGG代谢通路,包括代谢途径、次生代谢的生物合成、植物-病原物互作、植物激素信号转导、苯丙氨酸生物合成、淀粉和蔗糖代谢、类黄酮类化合物合成等。本研究将为进一步的芒果功能基因克隆、基因表达分析、分子标记开发等研究奠定基础。
|
关 键 词: | 芒果 转录组 功能注释 |
本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录! |
| 点击此处可从《热带作物学报》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《热带作物学报》下载免费的PDF全文 |
|