| 野生二粒小麦叶绿体基因RNA编辑位点的预测、鉴定与分析 |
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| 引用本文： | 刘思妍,冯克伟,卞建新,王 萌,杨智凯,聂小军,宋卫宁. 野生二粒小麦叶绿体基因RNA编辑位点的预测、鉴定与分析[J]. 麦类作物学报, 2015, 35(12): 1609-1616 |
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| 作者姓名： | 刘思妍 冯克伟 卞建新 王 萌 杨智凯 聂小军 宋卫宁 |
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| 作者单位： | (西北农林科技大学农学院，陕西杨凌 712100) |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（31401373）；西北农林科技大学基本科研业务费专项资金项目（2452015003） |
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| 摘 要： | RNA编辑是高等植物叶绿体基因转录后表达调控的一种重要方式。为了解野生二粒小麦叶绿体基因RNA编辑的组成及其与其他麦类作物的异同,通过生物信息学预测结合RT-PCR的方法,对野生二粒小麦叶绿体基因的RNA编辑位点进行了预测和鉴定。生物信息学预测共发现了分布于15个基因上的35个编辑位点,均为C到U的转换,其中ndhB基因包含的编辑位点数量最多,达9个;在此基础上,随机选取5个基因对其编辑位点进行了测序验证,结果共鉴定了18个C→U的编辑位点;进一步对编辑后编码蛋白的二级结构和跨膜结构域进行了预测,发现编辑后所有基因均发生了二级结构的改变,但只有ndhB基因的跨膜结构域发生了改变;最后,将确定的野生二粒小麦叶绿体基因RNA编辑位点与7个禾本科物种的RNA编辑位点进行比较,共发现17个编辑位点在这些种间具有保守性,相比于其他物种,野生二粒小麦与普通小麦和粗山羊草具有更相似的编辑位点组成。
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| 关 键 词： | 野生二粒小麦；叶绿体；RNA编辑；RT-PCR |
Prediction and Identification of the RNA Editing Sites in Chloroplast Transcripts of Triticum dicoccoides |
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| LIU Siyan,FENG Kewei,BIAN Jianxin,WANG Meng,YANG Zhikai,NIE Xiaojun,SONG Weining. Prediction and Identification of the RNA Editing Sites in Chloroplast Transcripts of Triticum dicoccoides[J]. Journal of Triticeae Crops, 2015, 35(12): 1609-1616 |
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| Authors: | LIU Siyan FENG Kewei BIAN Jianxin WANG Meng YANG Zhikai NIE Xiaojun SONG Weining |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Triticum dicoccoides Chloroplast RNA editing RT-PCR |
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