野生二粒小麦叶绿体基因RNA编辑位点的预测、鉴定与分析 |
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引用本文: | 刘思妍,冯克伟,卞建新,王 萌,杨智凯,聂小军,宋卫宁.野生二粒小麦叶绿体基因RNA编辑位点的预测、鉴定与分析[J].麦类作物学报,2015,35(12):1609-1616. |
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作者姓名: | 刘思妍 冯克伟 卞建新 王 萌 杨智凯 聂小军 宋卫宁 |
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作者单位: | (西北农林科技大学农学院,陕西杨凌 712100) |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(31401373);西北农林科技大学基本科研业务费专项资金项目(2452015003) |
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摘 要: | RNA编辑是高等植物叶绿体基因转录后表达调控的一种重要方式。为了解野生二粒小麦叶绿体基因RNA编辑的组成及其与其他麦类作物的异同,通过生物信息学预测结合RT-PCR的方法,对野生二粒小麦叶绿体基因的RNA编辑位点进行了预测和鉴定。生物信息学预测共发现了分布于15个基因上的35个编辑位点,均为C到U的转换,其中ndhB基因包含的编辑位点数量最多,达9个;在此基础上,随机选取5个基因对其编辑位点进行了测序验证,结果共鉴定了18个C→U的编辑位点;进一步对编辑后编码蛋白的二级结构和跨膜结构域进行了预测,发现编辑后所有基因均发生了二级结构的改变,但只有ndhB基因的跨膜结构域发生了改变;最后,将确定的野生二粒小麦叶绿体基因RNA编辑位点与7个禾本科物种的RNA编辑位点进行比较,共发现17个编辑位点在这些种间具有保守性,相比于其他物种,野生二粒小麦与普通小麦和粗山羊草具有更相似的编辑位点组成。
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关 键 词: | 野生二粒小麦 叶绿体 RNA编辑 RT-PCR |
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