蒙古莸叶绿体基因组微卫星位点分析及引物筛选

本研究旨在为蒙古莸在分子水平上提供理论依据，以便对濒危稀有种制定科学的保护策略。本研究下载GenBank数据库公布的蒙古莸叶绿体基因组信息，利用生物信息学对蒙古莸叶绿体基因组进行cpSSR分析。利用MISA软件全面搜索蒙古莸叶绿体基因组SSR分子标记，并对其分析；运用Primer Premier 3.0设计并筛选多态性较好的引物用于后续研究。在全长151 707 bp的蒙古莸叶绿体基因组中，共鉴定出31个cpSSR位点，位点间平均分布距离为4 893.77 bp，其中以单核苷酸重复为主，且主要分布于LSC区，占SSR位点总数的74.19%；其次是四核苷酸重复，分布于LSC及SSC两区，占SSR位点总数的19.35%，分布最少为三核苷酸，仅占总位点数的3.23%。将所有31个位点合成31对叶绿体微卫星引物，通过毛细管电泳检测，最终筛选出8对多态性引物。此外，挑选多态性好的马鞭草EST-SSR引物，扩增结果产生非特异性条带，且与马鞭草扩增片段范围相差较大。基于软件的参数设置，单核苷酸重复数量占比最多，三核苷酸重复占比最少；从31对引物筛选出8对多态性引物，扩增率达100%，多态率为26%；...