大山樱叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析

为了明确大山樱叶绿体基因组特征及其密码子使用偏好，共筛选53条叶绿体CDS基因序列作为分析对象。使用CodonW 1.4.4等软件对大山樱密码子使用偏好性进行分析。结果表明，大山樱叶绿体基因组GC₃含量为28.84%，含量较低；RECU>1的30个密码子中，有29个以A/U结尾；ENC平均值为47.54，证明其密码子偏好性较弱。3种绘图分析结果均表明自然选择对密码子偏好性影响较大。最终确定10个最优密码子，且7个以A/U结尾。基于CDS序列和RSCU值的系统发育分析及聚类分析结果相似，表明密码子偏好性和物种系统发育关系有一定关联。该结果为研究樱亚属植物叶绿体基因组特征及其密码子偏好性提供了相关依据。