| 水稻根系盐胁迫响应miRNA和tRF的鉴定 |
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| 引用本文： | 孟淑君,张雪海,王琪月,张稳,黄力,丁冬,汤继华. 水稻根系盐胁迫响应miRNA和tRF的鉴定[J]. 中国农业科学, 2020, 53(4): 669-682. DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2020.04.001 |
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| 作者姓名： | 孟淑君 张雪海 王琪月 张稳 黄力 丁冬 汤继华 |
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| 作者单位： | 河南农业大学农学院/省部共建小麦玉米作物学国家重点实验室,郑州 450002 |
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| 基金项目： | 河南省高等学校重点科研项目(13A210466);国家科技重大专项转基因专项课题(2018ZX0800908B);河南省科技攻关项目(182102110349);河南农业大学科技创新基金(KJCX2019A01) |
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| 摘 要： | 【目的】水稻(Oryza sativa L.)是中国最重要的粮食作物,也是盐胁迫敏感作物。研究水稻盐胁迫响应基因表达,发掘水稻耐盐基因对水稻抵御盐胁迫的分子机制及解析其调控网络,为培育耐盐水稻品种奠定基础。【方法】以水稻品种日本晴种子为试验材料,在1/2MS培养基培养条件下对其进行盐处理(150 mmol·L-1 NaCl),对盐处理和非盐处理21 d的根系进行小分子量RNA组学测序。通过生物信息学分析,以log2 Fold Change(log2FC)>1或<-1为筛选条件,寻找在盐胁迫和非盐胁迫条件下差异表达的miRNA和tRF(tRNA-derived RNA fragments),分析其靶基因,并通过实时荧光定量PCR对测序结果及靶基因进行验证。【结果】以至少一组数据RPM(Reads Per Million reads)>500和log2FC>1或<-1为筛选条件,共得到31个差异表达miRNA,其中8个为盐胁迫诱导miRNA,23个为盐胁迫抑制miRNA,这些差异表达miRNA属于12个miRNA家族,其中8个miRNA家族在拟南芥、玉米和小麦...
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| 关 键 词： | 水稻 盐胁迫 转录组 miRNA tRF |
| 收稿时间： | 2019-07-07 |
Identification of miRNAs and tRFs in Response to Salt Stress in Rice Roots |
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| ShuJun MENG,XueHai ZHANG,QiYue WANG,Wen ZHANG,Li HUANG,Dong DING,JiHua TANG. Identification of miRNAs and tRFs in Response to Salt Stress in Rice Roots[J]. Scientia Agricultura Sinica, 2020, 53(4): 669-682. DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2020.04.001 |
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| Authors: | ShuJun MENG XueHai ZHANG QiYue WANG Wen ZHANG Li HUANG Dong DING JiHua TANG |
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| Affiliation: | College of Agronomy, Henan Agricultural University/National Key Laboratory of Wheat and Maize Crop Science, Zhengzhou 450002 |
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