| 利用WGCNA鉴定谷子内源脱落酸响应禾生指梗霉胁迫的共表达基因 |
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| 引用本文： | 常国蓉,李任建,张琦,张育铭,韩渊怀,张宝俊. 利用WGCNA鉴定谷子内源脱落酸响应禾生指梗霉胁迫的共表达基因[J]. 中国农业科学, 2020, 53(16): 3280-3293. DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2020.16.007 |
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| 作者姓名： | 常国蓉 李任建 张琦 张育铭 韩渊怀 张宝俊 |
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| 作者单位： | 山西农业大学植物保护学院,山西太谷 030801 |
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| 基金项目： | 国家重点研发计划(2018YFD1000703);国家重点研发计划(2018YFD100070);山西省重点研发计划(201703D211008);山西省研究生教育创新项目(2020SY220) |
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| 摘 要： | 【目的】脱落酸(ABA)作为一类逆境激素,在植物生长发育、生物胁迫和非生物胁迫中发挥着重要作用。脱落酸受体蛋白PYR/PYL/PCAR及SNF1相关的蛋白激酶(SnRK2)是介导脱落酸信号转导的重要调控因子。本研究通过预测脱落酸及其信号转导途径中关键基因在谷子白发病致病菌禾生指梗霉(Sclerospora graminicola)中的调控作用,为谷子内源脱落酸响应禾生指梗霉侵染的互作研究提供参考。【方法】通过对禾生指梗霉侵染的晋谷21号谷子进行转录组测序和脱落酸含量测定,基于谷子全基因组对脱落酸信号转导通路上的PYL和SnRK2家族基因进行鉴定、分析,利用测定的转录组构建加权基因共表达网络(WGCNA),并与禾生指梗霉侵染引起的寄主内源脱落酸含量进行关联,预测脱落酸及其下游信号转导基因PYL和SnRK2在谷子与禾生指梗霉互作调控中的关键核心基因;利用qRT-PCR技术对候选基因进行验证。【结果】谷子中存在禾本科中较为保守的PYL和SnRK2家族基因各11个,且在PYL和SnRK2家族基因的启动子上均预测到脱落酸响应元件。在禾生指梗霉侵染后,寄主内源脱落酸在第一、第二时期大量积累,含量显...
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| 关 键 词： | 谷子 脱落酸 禾生指梗霉 PYL SnRK2 加权基因共表达网络 |
| 收稿时间： | 2020-02-17 |
Identification of Co-Expression Genes Related to Endogenous Abscisic Acid in Response to the Stress of Sclerospora graminicola by WGCNA in Foxtail Millet |
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| CHANG GuoRong,LI RenJian,ZHANG Qi,ZHANG YuMing,HAN YuanHuai,ZHANG BaoJun. Identification of Co-Expression Genes Related to Endogenous Abscisic Acid in Response to the Stress of Sclerospora graminicola by WGCNA in Foxtail Millet[J]. Scientia Agricultura Sinica, 2020, 53(16): 3280-3293. DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2020.16.007 |
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| Authors: | CHANG GuoRong LI RenJian ZHANG Qi ZHANG YuMing HAN YuanHuai ZHANG BaoJun |
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| Affiliation: | College of Plant Protection, Shanxi Agricultural University, Taigu 030801, Shanxi |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | foxtail millet (Setaria italica) abscisic acid Sclerospora graminicola PYL SnRK2 weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) |
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