| 大豆HB基因GmSbh1的分离与生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 舒英杰,陶源,王爽,黄丽燕,陈明,麻浩. 大豆HB基因GmSbh1的分离与生物信息学分析[J]. 大豆科学, 2015, 34(2) |
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| 作者姓名： | 舒英杰 陶源 王爽 黄丽燕 陈明 麻浩 |
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| 作者单位： | 1. 南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室,江苏南京210095;安徽科技学院农学院,安徽凤阳233100
2. 南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室,江苏南京,210095 |
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| 摘 要： | 从大豆叶片中分离到Gm Sbh1基因c DNA的完整开放阅读框(ORF)序列,对其编码的氨基酸序列、蛋白质一级、二级结构及互作蛋白等进行了生物信息学分析。结果表明:在Gm Sbh1基因c DNA序列的第156~1 293 bp处有一个完整的ORF,编码379个氨基酸;Gm Sbh1具有同源异型盒(homeoboxbox,HB)基因家族典型的KNOX1、KNOX2、ELK和Homeodomain(HD)结构域;检索到18条与Gm Sbh1核酸序列一致性大于80%的序列;Gm SBH1为亲水性蛋白,不具有信号肽,分子量为42.37 k Da,其中丝氨酸(Ser)、天冬氨酸(Asn)和亮氨酸(Leu)分别为占10%、9.8%和8.4%,可能发生磷酸化的位点分别在Ser(13个)、酪氨酸(Tyr)(2个)和苏氨酸(Thr)(1个)上;二级结构预测结果显示,Gm SBH1序列存在α-螺旋(占39.31%)、β-转角(占5.28%)、延伸链(占8.44%)和无规则卷曲(占46.97%),不存在跨膜螺旋;蛋白互作预测表明,Gm SBH1与拟南芥中的RPL、BEL1、AT4G32980.1-P、BLH2和BLH3等蛋白的互作程度较高,其中与BEL1共表达的几率较高。
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| 关 键 词： | 大豆 同源异型盒基因 基因分离 生物信息学分析 |
Isolation and Bioinformatics Analysis of GmSbh1 in Soybean |
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| SHU Ying-jie,TAO Yuan,WANG Shuang,HUANG Li-yan,CHEN Ming,MA Hao. Isolation and Bioinformatics Analysis of GmSbh1 in Soybean[J]. Soybean Science, 2015, 34(2) |
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| Authors: | SHU Ying-jie TAO Yuan WANG Shuang HUANG Li-yan CHEN Ming MA Hao |
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| Keywords: | Soybean Homeobox gene Gene isolation Bioinformatics analysis |
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