青海省辣椒隐症病毒1的鉴定与全基因组序列克隆

【目的】明确青海省辣椒病毒病病原种类,获得乐都长辣椒的辣椒隐症病毒1(Pepper cryptic virus 1,PCV1)分离物的全基因组序列。【方法】2021年6月对青海省辣椒病毒病进行调查并采集疑似病样,对采集的样品分别用通用引物和特异性引物进行RT-PCR检测,后续通过克隆的方法得到PCV1的全基因组序列,用NCBI进行序列比对后用MEGA6.0软件最大似然法（maximum likelihood）、自导复制（bootstrap）1 000次构建系统进化树,并运用同源性分析和聚类分析方法对PCV1的2条RNA链进行分析。【结果】采自乐都区的15份辣椒病样中,确认检出10份感染PCV1,其RNA1和RNA2的全长分别为1 563 bp和1 495 bp。NCBI网站序列比对分析结果表明克隆得到的PCV1青海分离物序列与已报道的PCV1其他分离物的核苷酸序列一致性与氨基酸一致性高于95%。系统发育分析表明RNA1和RNA2分别与其他PCV1分离物聚在一支上,与其同属的辣椒隐症病毒2(pepper cryptic virus 2,PCV2)分离物聚在不同的分支上。【结论】青海省辣椒...