| 基于转录组测序筛选大口黑鲈食性驯化相关基因和SNP标记 |
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| 引用本文： | 邵嘉棋,杜金星,雷彩霞,李胜杰,董传举,张猛,李学军. 基于转录组测序筛选大口黑鲈食性驯化相关基因和SNP标记[J]. 中国水产科学, 2022, 29(3): 420-434 |
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| 作者姓名： | 邵嘉棋 杜金星 雷彩霞 李胜杰 董传举 张猛 李学军 |
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| 作者单位： | 河南师范大学水产学院, 河南 新乡 453007 ；中国水产科学研究院珠江水产研究所, 农业农村部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室, 广东 广州 510380 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(32102776)； 中央级公益性科研院所基本科研业务费项目(2021SJ-XK4, 2021SJ-CG1)； 广州市科技计划项目(202002020018). |
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| 摘 要： | 采用人工驯食方法改变肉食性鱼类的食性是其养殖过程中的关键环节, 但目前对鱼类食性驯化的分子遗传机制了解甚少。为了获得大口黑鲈(Micropterus salmoides)食性驯化相关基因和标记, 本研究以 1 月龄大口黑鲈“优鲈 3 号”为研究对象, 对驯化其摄食人工配合饲料后的易驯食组和不易驯食组脑和肝脏组织进行转录组测序和分析。结果表明, 共获得 51255 万条高质量 clean reads, 注释到 27930 个基因, 易驯食组和不易驯食组脑和肝脏组织中差异表达基因分别为 362 和 3389 个, 其中参与调控食性驯化的基因 64 个, 如周期蛋白(period, PERs)、视紫红质 (rhodopsin, RHO)、视黄醇脱氢酶(retinol dehydrogenase, RDHs)、角鲨烯单加氧酶(squalene monooxygenase, SQLE)、 胆汁酸输出泵(bile salt export pump, BSEP)、瘦素(leptin, LEP)等主要分布在昼夜节律、光传导、视黄醇代谢、类固醇生物合成、胆汁分泌和 PI3K-AKT 信号通路中, 这些通路在环境适应、视觉系统、消化代谢、食欲控制等生物过程中发挥重要作用。从不易驯食组和易驯食组的差异表达基因中筛选出 21465 个 SNP 标记, 进一步采用 SNaPshot 技术对其中 14 个 SNP 标记在易驯食和不易驯食群体中进行验证并与驯食性状进行关联分析, 结果显示仅 RDH12 基因中的 chr15-A+8322808G 位点与驯食性状存在显著关联性(P＜0.05), 其 AA 基因型为易驯食个体的优势基因型。本研究分别获得了与大口黑鲈驯食性状相关基因 64 个和 SNP 标记 1 个, 为分子标记辅助大口黑鲈食性驯化遗传改良提供了候选基因和标记。
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| 关 键 词： | 大口黑鲈； 驯食性状； 转录组测序； 差异表达基因； 单核苷酸多态性 |
Development of genes and SNP markers related to food domestication based on largemouth bass transcriptome |
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| SHAO Jiaqi,DU Jinxing,LEI Caixi,LI Shengjie,DONG Chuanju,ZHANG Meng,LI Xuejun. Development of genes and SNP markers related to food domestication based on largemouth bass transcriptome[J]. Journal of Fishery Sciences of China, 2022, 29(3): 420-434 |
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| Authors: | SHAO Jiaqi DU Jinxing LEI Caixi LI Shengjie DONG Chuanju ZHANG Meng LI Xuejun |
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