| 稻瘟病菌不同拼接版本基因组序列差异性比较 |
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| 引用本文： | 毛雪琴,姜华,王艳丽,张震,柴荣耀,王教瑜,邱海萍,杜新法,孙国昌.稻瘟病菌不同拼接版本基因组序列差异性比较[J].中国水稻科学,2013,27(4):425-433. |
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| 作者姓名： | 毛雪琴 姜华 王艳丽 张震 柴荣耀 王教瑜 邱海萍 杜新法 孙国昌 |
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| 作者单位： | 浙江省农业科学院 植物保护与微生物研究所/浙江省植物有害生物防控重点实验室—省部共建国家重点实验室培育基地;浙江省农业科学院 植物保护与微生物研究所/浙江省植物有害生物防控重点实验室-省部共建国家重点实验室培育基地 |
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| 基金项目： | 公益性行业(农业)科研专项经费资助(201203014);国家自然科学基金资助项目(30900933;30970082;31101135);浙江省自然科学基金资助项目(Y3110537);浙江省重大科技专项(2012C12901-1;2012C12901-2) |
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| 摘 要： | 为了明确稻瘟病菌不同拼接版本基因组序列的差异,促进合理利用不同拼接版本基因组序列,比较了不同版本稻瘟病菌基因组数据库微卫星序列的分布情况,功能基因的位置及长度差异,SSR引物的位置差异等。结果表明,不同基因组数据库在序列长度上差异明显,功能基因的位置、SSR引物位置和SSR核苷酸重复类型数量也差异明显。无毒基因Avr-Pizt连锁标记比较分析表明Avr-Pizt基因定位在不同数据库中差别明显。不同稻瘟病菌数据库中,第7染色体的序列与其上的BAC序列之间差异显著,虽然这不影响功能基因的分析,但影响无毒基因图位克隆的定位区间的判断。因此,稻瘟病菌研究者应根据实际情况选择相应的数据库。
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| 关 键 词： | 稻瘟病 稻瘟病菌 基因组 图位克隆 无毒基因 |
| 收稿时间： | 2012-12-13 |
Comparison on Genome Sequence of Magnaporthe oryzae in Different Assembly Databases |
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| MAO Xue-qin,JIANG Hua,WANG Yan-li,ZHANG Zhen,CHAI Rong-yao,WANG Jiao-yu,QIU Hai-ping,DU Xin-fa,SUN Guo-chang.Comparison on Genome Sequence of Magnaporthe oryzae in Different Assembly Databases[J].Chinese Journal of Rice Science,2013,27(4):425-433. |
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| Authors: | MAO Xue-qin JIANG Hua WANG Yan-li ZHANG Zhen CHAI Rong-yao WANG Jiao-yu QIU Hai-ping DU Xin-fa SUN Guo-chang |
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| Institution: | *(State Key Laboratory Breeding Base for Zhejiang Sustainable Pest and Disease Control/Institute of Plant Protection and Microbiology,Zhejiang Academy of Agricultural Sciences,Hangzhou 310021,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | rice blast Magnaporthe oryzae genome map based cloning avirulence gene |
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