基于重测序的41份芝麻种质资源全基因组序列分析 |
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引用本文: | 宋成孝,舒中兵,邓宽平,金松,覃成.基于重测序的41份芝麻种质资源全基因组序列分析[J].种子,2022(5):41-50. |
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作者姓名: | 宋成孝 舒中兵 邓宽平 金松 覃成 |
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作者单位: | 1. 遵义市农业科学研究院/遵义市作物基因资源与种质创制重点实验室;2. 遵义职业技术学院现代农业系 |
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摘 要: | 为揭示贵州不同生态区域芝麻种质全基因组突变类型,通过41份芝麻种质资源的全基因组重测序对单核苷多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)、小片段插入缺失(Insertion-deletion, InDel)和结构变异(Structural Variation, SV)等进行检测并注释,明确各突变在全基因组范围内的突变数量与位置信息,并基于SNP数据对41份芝麻种质资源进行种群结构分析。结果表明,共检测到SNP位点20 940 797个,InDel位点2 989 500个,SV位点138 135个,其中SI_35材料的SNP、InDel、SV三个变异类型位点数量均为最多,分别为1 032 613个、144 363个、5 328个。群体结构分析结果显示,41份芝麻种质资源包含4个亚群;主成分分析结果显示,各芝麻种质在主成分1、主成分2之间的相互距离及位置基本符合进化树和群体机构的分析结果。本研究为贵州芝麻种质资源的研究提供了初步的进化框架。
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关 键 词: | 芝麻 全基因组重测序 SNP InDel SV 群体结构 |
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