| 版纳微型猪近交系RNF4基因克隆、多组织qPCR表达及功能生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 李罗刚, 王淑燕, 潘伟荣, 等. 版纳微型猪近交系STRA8基因克隆及功能生物信息学分析[J]. 云南农业大学学报（自然科学）, 2019, 34(3): 432-439. DOI: 10.12101/j.issn.1004-390X(n).201803042 |
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| 作者姓名： | 李罗刚 王淑燕 潘伟荣 王配 张霞 王雪飞 霍金龙 |
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| 作者单位： | 1.云南省版纳微型猪近交系重点实验室，云南 昆明 650201;2.云南农业大学 动物科学技术学院，云南 昆明 650201 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（31460580，31660637，31660650） |
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| 摘 要： | 
目的以版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line, BMI)为材料，初步研究STRA8基因的功能，为该基因在猪精子形成过程的作用研究奠定基础。方法以GenBank下载的猪STRA8基因序列JQ965783及多条猪EST序列为参考序列，设计特异性引物扩增版纳微型猪近交系(BMI) STRA8基因。对STRA8蛋白质进行理化特性和功能生物信息学分析，包括二级结构、蛋白功能域、疏水性、跨膜结构、信号肽、亚细胞定位、磷酸化位点以及蛋白质功能分析；搜索并下载其他物种的STRA8蛋白质序列构建多物种系统进化树。应用实时荧光定量PCR技术检测BMI STRA8在版纳微型猪近交系15个组织中的mRNA转录表达水平。
结果获得了包含编码序列1 101 bp的全长序列1 316 bp，编码366个氨基酸，序列已提交GenBank，基因登录号KU705622，蛋白质分子量(Mw) 41.06 ku，等电点(pI) 4.52。STRA8二级结构中α螺旋含量最高，占52.19%；含有1个蛋白功能域；在氨基端有1个HLH结构域和1个卷曲螺旋区域，在羧基端有2个低复杂度区域；疏水性结果表明STRA8基因N末端、C末端均亲水；无跨膜结构，无信号肽序列；该蛋白质位于细胞核中的概率是56.5%；STRA8蛋白共有34个磷酸化位点；系统进化结果表明：BMI与羊、水牛的相似度最高。STRA8基因mRNA在检测的BMI 15个组织中呈现差异表达现象，睾丸中表达量最高。结论结果将为进一步研究STRA8基因在猪精子发生方面的作用及功能提供参考。
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| 关 键 词： | STRA8 版纳微型猪近交系 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2018-03-24 |
| 修稿时间： | 2018-08-29 |
Characterization of a premeiotic germ cell-specific cytoplasmic protein encoded by STRA8, a novel retinoic acid-responsive gene |
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| Luogang LI, Shuyan WANG, Weirong PAN, et al. Cloning and Functional Bioinformatics Analysis of STRA8 Gene in Banna Mini-pig Inbred Line[J]. JOURNAL OF YUNNAN AGRICULTURAL UNIVERSITY（Natural Science）, 2019, 34(3): 432-439. DOI: 10.12101/j.issn.1004-390X(n).201803042 |
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| Authors: | Luogang LI Shuyan WANG Weirong PAN Pei WANG Xia ZHANG Xuefei WANG Jinlong HUO |
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| Affiliation: | 1.Key Laboratory of Banna Mini-pig Inbred Line of Yunnan Province, Kunming 650201, China;2.Faculty of Animal Science and Technology, Yunnan Agricultural University, Kunming 650201, China |
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| Abstract: |
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| Keywords: | STRA8 Banna mini-pig inbred line (BMI) bioinformatics |
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