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| AutoSSR：大批量、高效开发和分析SSR基元的软件 | |
| 引用本文： | 王长彪,郭旺珍,张天真,李燕娥,刘惠民.AutoSSR：大批量、高效开发和分析SSR基元的软件[J].棉花学报,2009,21(3):243-247. |
| 作者姓名： | 王长彪 郭旺珍 张天真 李燕娥 刘惠民 |
| 作者单位： | 1. 南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室,南京,210095;山西省农业科学院棉花研究所,运城,044000 2. 南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室,南京,210095 3. 山西省农业科学院棉花研究所,运城,044000 4. 山西省农业科学研究院,太原,030006 |
| 基金项目： | Grants Visiting Scholar Project from the National Lab in Nanjing Agricultural University，国家高技术研究发展计划(863计划)，the Program for New Century Excellent Talents in University，the 111 Program for Ministry of Education |
| 摘 要： | 为从大量的序列中快速发掘和利用简单序列重复(微卫星，SSRs)，开发了一个软件工具——AutoSSR。该软件能够从一个包括大量FASTA格式的序列文件中发掘SSR，并分析不同SSRs类型的分布状况。与已开发的类似软件相比，该软件可以不受序列数量和不同系统平台的限制，高效、快速完成SSR信息的搜索和分析。利用该软件对GenBank上释放的来源于棉花、苹果和水稻的DNA序列进行了SSR发掘，得到了36000个SSRs。其中，对来源于棉花的SSRs信息，进一步利用Primer 3软件开发了位点特异性引物，为棉花基因组分析奠定了基础。 |
| 关 键 词： | 简单序列重复 表达序列标签 发掘 软件 |
AutoSSR: An Improved Automatic Software for SSR Analysis from Large-scale EST Sequences |
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| WANG Chang-biao,GUO Wang-zhen,ZHANG Tian-zhen,LI Yan-e,LIU Hui-min.AutoSSR: An Improved Automatic Software for SSR Analysis from Large-scale EST Sequences[J].Cotton Science,2009,21(3):243-247. | |
| Authors: | WANG Chang-biao GUO Wang-zhen ZHANG Tian-zhen LI Yan-e LIU Hui-min |
| Institution: | 1.State Key Laboratory of Crop Genetics & Germplasm Enhancement;Cotton Research Institute;Nanjing Agricultural University;Nanjing 210095;China;2.Cotton Research Institute;Shanxi Academy of Agricultural Sciences;Yuncheng;Shanxi 044000;3.Shanxi Academy of Agricultural Sciences;Taiyuan 030006;China |
| Abstract: | Microsatellites,also known as simple sequence repeats(SSRs),are repeated small sequence motifs that are highly polymorphic and abundant in the genomes of eukaryotes.We have created a software tool,AutoSSR,for quickly detecting simple sequence repeats from a large number of sequences.The software can detect SSRs from one file,including large number of FASTA-formatted sequences,and analyze the distributions of different SSR types.Importantly,this tool is not restricted to sequence numbers and different system... |
| Keywords: | simple sequence repeats expressed sequence tags distribution software |
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