| RNA-seq数据差异表达分析流程比较 |
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| 引用本文： | 赵延辉,陈少康,翟丽维,侍玉梅,原佳妮,盛熙晖,齐晓龙,郭勇,王楚端,邢凯.RNA-seq数据差异表达分析流程比较[J].中国农业大学学报,2023,28(6):153-159. |
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| 作者姓名： | 赵延辉 陈少康 翟丽维 侍玉梅 原佳妮 盛熙晖 齐晓龙 郭勇 王楚端 邢凯 |
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| 作者单位： | 北京农学院 动物科学技术学院, 北京 102206;北京市畜牧总站, 北京 100107;中国农业大学 动物科学技术学院, 北京 100193 |
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| 基金项目： | 2022年北京市教委分类发展项目 |
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| 摘 要： | 为选择出合适的基因差异表达分析流程，本研究基于松辽黑猪和长白猪脂肪转录组数据，对TopHat2、HISAT2、STAR3种比对工具以及DESeq2、edgeR、limma 3种差异表达基因筛选工具的性能进行分析，并结合KEGG通路富集结果进行综合评价。结果表明：1)HISAT2拥有最快的运行速度，STAR拥有最高的唯一比对率。经综合考虑，本研究选取HISAT2数据进行后续差异表达基因筛选分析。2)DESeq2筛选出616个差异基因，edgeR筛选出890个差异基因，limma筛选出829个差异基因，三者有246个差异基因重合。3)DESeq2、edgeR、limma的上调差异表达基因分别富集到110、108和142条通路，其中有72条通路重合，而下调差异表达基因分别富集到190、247和177条通路，其中有158条通路重合。本研究推荐使用HISAT2进行基因组比对。当研究不存在生物学重复时，推荐使用edgeR进行差异表达基因筛选。而为了减少分析过程中的假阳性，可以选择DESeq2或者两个及以上工具的差异表达基因的交集。本研究将有助于研究人员从转录组数据中获得更好、更全面的生物学见解。
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| 关 键 词： | 差异表达 RNA-seq 分析工具 |
| 收稿时间： | 2022/9/25 0:00:00 |
Comparative study on differential expression analysis process of RNA-seq data |
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| ZHAO Yanhui,CHEN Shaokang,ZHAI Liwei,SHI Yumei,YUAN Jiani,SHENG Xihui,QI Xiaolong,GUO Yong,WANG Chuduan,XING Kai.Comparative study on differential expression analysis process of RNA-seq data[J].Journal of China Agricultural University,2023,28(6):153-159. |
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| Authors: | ZHAO Yanhui CHEN Shaokang ZHAI Liwei SHI Yumei YUAN Jiani SHENG Xihui QI Xiaolong GUO Yong WANG Chuduan XING Kai |
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| Institution: | School of Animal Science and Technology, Beijing University of Agricultural, Beijing 102206, China;Beijing Animal Husbandry Station, Beijing 100107, China;School of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing 100193, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | differential expression RNA-seq analysis tools |
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