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河北省塞内卡病毒A VP2基因克隆和序列分析
作者姓名:王晶  郭禹  赵云环  顾文源  刘涛  翟刚  张帅  王丙雷  左玉柱  范京惠
作者单位:1. 河北农业大学动物医学院;2. 河北省动物疫病预防控制中心;3. 瑞普(保定)生物药业有限公司;4. 河北省兽医生物技术创新中心
摘    要:为了解河北省塞内卡病毒A(SVA)VP2基因的变异及分子进化情况,试验设计了一对VP2基因扩增引物,通过RT-PCR方法扩增和克隆测序,利用MEGA 7.0软件对测序获得的VP2基因序列和GenBank上的参考序列进行遗传进化分析,运用MegAlign 5.0软件进行核苷酸和氨基酸同源性分析。结果表明:成功扩增并测序得到VP2基因序列,将该序列上传至GenBank,获得基因登录号为MZ031967,命名为SVA HB-BD株。该毒株与中国毒株核苷酸序列相似性为95.9%~99.6%;与原型毒株SVV-001(DQ64125-7核苷酸)相似性较低,为94.6%;与其他美国毒株(MN812946、MN812947、KC667560、MH704432、MN812938、MN812937、KU954086、NC011349)核苷酸相似性为93.0%~94.6%。SVA HB-BD株与2015—2016年分离毒株亲缘关系较近,处于同一分支,而与2017—2018年分离毒株亲缘关系较远。SVA HB-BD株与广东省分离毒株氨基酸序列相似性较高,并且在VP2蛋白中和表位位点高度保守。说明HB-BD株...

关 键 词:塞内卡病毒A  VP2基因  PCR扩增  序列分析  遗传进化
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