鸡COL14A1基因的生物信息学分析及组织表达谱研究

为了分析肉鸡肢体内外翻畸形(valgus-varus deformity, VVD)致病候选基因COL14A1的生物信息学功能和组织表达谱，试验以6只35日龄的哈伯德肉鸡作为试验对象(正常组3只，VVD组3只),采用在线软件分析COL14A1基因核苷酸序列同源性、蛋白质基本理化性质和结构特征，利用实时荧光定量PCR法检测COL14A1基因在不同组织中的相对表达量，并绘制组织表达谱。结果表明：鸡COL14A1基因核苷酸序列和绿头鸭、日本鹌鹑的同源性最高；COL14A1蛋白理论等电点为5.25,不稳定指数为36.72,平均亲水性分值为-0.344分；COL14A1蛋白不存在跨膜结构，信号肽预测值为0.986 2分，大于阈值0.5分；二级结构中的α-螺旋、β-转角、无规则卷曲和延伸链占比分别为17.27%、4.56%、55.88%、22.30%,其中无规则卷曲和延伸链占比较多；三级结构中存在着大量的无规则卷曲和延伸链；COL14A1基因在腿肌组织中相对表达量最低，在软骨和法氏囊组织中的相对表达量较高，并且VVD组肉鸡法氏囊组织相对表达量极显著低于正常组(P<0.01)。说明COL14A...