豪猪MITF-M转录本测序及其生物信息学分析

为获得豪猪MITF-M转录本序列，并对其进行生物信息学分析，试验首先将人工饲养豪猪的耳廓皮肤组织样本提取总RNA后进行无参转录组测序，对获得的所有MITF转录本通过序列比对分析筛选豪猪MITF-M转录本序列，然后采用生物信息学在线软件对豪猪MITF-M基因编码蛋白的理化性质、氨基酸组成、亚细胞定位、二级结构、三级结构、信号肽和跨膜区域进行预测和分析，最后分析豪猪与大鼠、鸡、绵羊等9个物种MITF-M蛋白的同源性，并采用邻接法构建MITF-M蛋白的系统进化树。结果表明：获得豪猪MITF-M转录本序列(已上传至GenBank,登录号为MW84037),序列全长为4 772 bp,含9个外显子，CDS长度为1 260 bp(229～1 488 bp),编码419个氨基酸。豪猪MITF-M蛋白化学分子式为C₂₀₁₀H₃₂₆₃N₅₈₅O₆₅₂S₂₆,共由6 536个原子组成；相对分子质量为46 890.11;理论等电点为5.82,为酸性蛋白质；脂肪氨基酸系数为79.64,不稳定指数为69...