| 大黄鱼肌纤维性状的全基因组关联分析 |
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| 引用本文： | 何骞,吴怡迪,周志雄,郑文彬,周祉吟,郝帅峰,魏煜麒,濮菲,陈佳,徐鹏. 大黄鱼肌纤维性状的全基因组关联分析[J]. 水产学报, 2022, 46(8): 1313-1323 |
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| 作者姓名： | 何骞 吴怡迪 周志雄 郑文彬 周祉吟 郝帅峰 魏煜麒 濮菲 陈佳 徐鹏 |
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| 作者单位： | 福建省海洋生物遗传育种重点实验室,福建省海洋生物遗传育种重点实验室,福建省海洋生物遗传育种重点实验室,福建省海洋生物遗传育种重点实验室,福建省海洋生物遗传育种重点实验室,福建省海洋生物遗传育种重点实验室,福建省海洋生物遗传育种重点实验室,福建省海洋生物遗传育种重点实验室,大黄鱼育种国家重点实验室,福建省海洋生物遗传育种重点实验室 |
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| 基金项目： | 福建省科技重大专项专题项目(2020NZ08003)；中央高校基本科研业务费专项资金资助(20720192010)；厦门大学大学生创新创业训练计划项目(201910384050)；福建省高校产学合作项目(2019N5001) |
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| 摘 要： | 大黄鱼是我国近海重要经济鱼类，因养殖条件限制，其肉质难以满足消费者的需求。肌纤维组织学特征是鱼类肉质评价中的常用指标，肌纤维平均直径和密度对鱼类肉质有重要影响。为定位肉质相关遗传位点，解析大黄鱼肉质性状的遗传调控机制，并为养殖大黄鱼肉质选育提供基础，本研究首次对大黄鱼肌纤维性状进行全基因组关联分析。采集一个大黄鱼养殖群体的背部肌肉样本，通过组织切片获得了483尾大黄鱼的肌纤维直径及253尾的肌纤维密度数据。随后用双消化限制性酶切位点相关的DNA测序（ddRAD-seq）法进行基因分型，获得了25 520和25 309个高质量单核苷酸多态性（SNPs）位点用于全基因组关联分析（GWAS）。最终，在5条染色体上定位到了6个显著位点，并注释到了lpin2、adcyap1、btg1、tcp11l2、lifr、thbs4、gmeb1、slc2a1、myom1、myom2共10个候选基因。对这些候选基因的分析表明，大黄鱼的肉质与肌纤维组成和生长，以及能量代谢有关。lpin2、adcyap1、btg1等基因可能在决定大黄鱼肌肉的物理特性中发挥作用。本研究首次对大黄鱼肌纤维相关性状进行基因组定位，研究结果为大黄鱼分子标记辅助选育提供了重要的理论参考，并为后续开展针对养殖群体大黄鱼肉质性状的遗传改良提供了分子工具。
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| 关 键 词： | 大黄鱼 肌纤维直径 肌纤维密度 ddRAD-seq 全基因组关联分析 |
| 收稿时间： | 2021-02-01 |
| 修稿时间： | 2021-03-12 |
Genome-wide association study of muscle fiber related traits in large yellow croaker (Larimichthys crocea) |
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| HE Qian,WU Yidi,ZHOU Zhixiong,ZHENG Wenbin,ZHOU Zhiyin,HAO Shuaifeng,WEI Yuqi,PU Fei,CHEN Ji,XU Peng. Genome-wide association study of muscle fiber related traits in large yellow croaker (Larimichthys crocea)[J]. Journal of Fisheries of China, 2022, 46(8): 1313-1323 |
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| Authors: | HE Qian WU Yidi ZHOU Zhixiong ZHENG Wenbin ZHOU Zhiyin HAO Shuaifeng WEI Yuqi PU Fei CHEN Ji XU Peng |
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| Affiliation: | Fujian Key Laboratory of Genetics and Breeding of Marine Organisms,Fujian Key Laboratory of Genetics and Breeding of Marine Organisms,Fujian Key Laboratory of Genetics and Breeding of Marine Organisms,Fujian Key Laboratory of Genetics and Breeding of Marine Organisms,Fujian Key Laboratory of Genetics and Breeding of Marine Organisms,Fujian Key Laboratory of Genetics and Breeding of Marine Organisms,Fujian Key Laboratory of Genetics and Breeding of Marine Organisms,Fujian Key Laboratory of Genetics and Breeding of Marine Organisms,State Key Laboratory of Large Yellow Croaker Breeding,Fujian Key Laboratory of Genetics and Breeding of Marine Organisms |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Larimichthys crocea muscle fibre diameter muslce fibre density ddRAD-seq GWAS |
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