正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库部分EST序列的电子克隆及验证 |
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作者姓名: | 李晓宁 苏丽娟 尹 珊 李晓泉 章 民 李延生 孙石开 蔡新斌 杨 坚 罗廷荣 |
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作者单位: | (广西大学动物科学技术学院 南宁 530005) |
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基金项目: | 国家“863”计划项目(2007AA10Z160);国家自然科学基金项目(31060336);广西科学研究与技术开发计划项目(桂科攻0480001);广西大学科学技术研究重点基金项目(2003ZD01) |
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摘 要: | 【目的】探讨从EST序列电子克隆全长基因序列的有效性,为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供新方法。【方法】以正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库测序所得的EST序列作为起始材料,应用生物信息库对文库中的部分EST序列进行电子克隆,并用RT-PCR验证其准确性。【结果】电子克隆正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库序列,共获得20条片段重叠群(Contigs),经基因注释,证实其均得到了有效延伸,具有完整开放阅读框(ORF),其中已知的猪基因序列14条,猪新基因序列6条;从已知猪基因序列和未知猪新基因序列中各抽取1条感兴趣序列(EST contig110和EST contig133)进行全长cDNA预测,发现电子克隆所得序列EST contig110和EST contig133的预期扩增片段(ORF)与实际扩增片段(ORF)基本一致,核苷酸相似性在98.0%以上,氨基酸相似性在93.0%以上。而对EST contig133的ORF序列(猪的60S核糖体蛋白L18a亚基)进行基本特性及结构预测,发现ORF133蛋白为非分泌型蛋白,由6个折叠和6个螺旋结构组成,含有8个不同的磷酸化位点。【结论】从EST序列电子克隆全长基因是可行的,为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供了参考。
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关 键 词: | 猪 外周血淋巴细胞 电子克隆 表达序列标签(EST) |
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