正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库构建及EST初步分析 |
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引用本文: | 李晓宁,孙石开,蔡新斌,杨,坚,苏丽娟,章,民,李晓泉,尹,珊,李延生,罗廷荣.正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库构建及EST初步分析[J].南方农业学报,2012,42(7):791-797. |
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作者姓名: | 李晓宁 孙石开 蔡新斌 杨 坚 苏丽娟 章 民 李晓泉 尹 珊 李延生 罗廷荣 |
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作者单位: | (广西大学动物科学技术学院 南宁 530005) |
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基金项目: | 国家“863”计划项目(2007AA10Z160);国家自然科学基金项目(31060336);广西科学研究与技术开发计划项目(桂科攻0480001);广西大学科学技术研究重点基金项目(2003ZD01) |
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摘 要: | 【目的】构建猪淋巴细胞基因文库,初步绘制正常猪外周血淋巴细胞的基因表达谱,为进一步筛选免疫相关基因提供平台。【方法】以mRNA为模板,经反转录酶催化,在体外反转录成cDNA,与质粒载体连接后转化大肠杆菌,进一步扩增后,获得猪外周血淋巴细胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合,并进行序列分析和注释。【结果】构建了正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库,获得库容量为1.2×106 PFU/mL、重组率为93.3%、85%插入片段处于750~2000 bp的高质量文库;随机测定1100条ESTs,经拼接和聚类,获得152条高表达的基因重叠群(Contigs)和619条低表达基因——单拷贝的EST(Singletons);经序列比对分析,发现23.3% ESTs为与任何物种都没有匹配的新基因,75.9% ESTs为与猪没有匹配的新基因。用GO数据库对获得的EST进行基因功能分类和KEGG路径图分析,发现丝裂原活化蛋白激酶途径(Mitogen-activated protein kinase,MAPK)、钙信号通路、胰岛素信号通路、脂肪细胞因子信号通路、Toll-like受体信号通路、B细胞受体信号通路和T细胞受体信号通路的基因均有较高表达。【结论】大部分的猪外周血淋巴细胞基因尚未被分离和鉴定出来,但这些基因mRNA转录和表达丰度均较高,且在猪外周血淋巴细胞中起着非常重要的作用。
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关 键 词: | 猪 外周血淋巴细胞 cDNA文库 表达序列标签(EST) |
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