| Hapseeker：一个分析单倍型的C＋＋程序 |
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| 引用本文： | 谌平,郑伟,王留阳.Hapseeker：一个分析单倍型的C＋＋程序[J].农业科学与技术,2009,10(3):1-2,6. |
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| 作者姓名： | 谌平 郑伟 王留阳 |
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| 作者单位： | 中国科学院西北高原研究所生物进化与适应开放实验室,青海西宁,810008;中国科学院研究生院,北京,100039 |
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| 基金项目： | 创新工程试点经费资助项目 |
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| 摘 要： | Hapseeker（Haplotypes Seeker），即单倍型搜索者，具有辨别单倍型、统计单倍型频率、发现变异位点等功能。Hapseeker能够在Windows、UNIX／Linux操作系统下跨平台运行，具有操作非常简单、运行速度快和需求电脑配置低等特点。在Windows系统下只需要双击Hapseeker．exe．即可运行并自动保存运算结果；而UNIX／Linux系统下，在终端输入命令．／Hapseeker则可运行。Hapseeker被设计用于处理DNA序列或RNA序列，甚至也可对氨基酸序列做类似分析，其输入文件的格式为常用的Fasta格式（序列用Clustal或Mega比对之后另存为Fasta格式即可）。读者通过email：pingchen09@gmail．com联系可以免费获得程序以及详细说明文档，如有需要还可提供源代码。笔者用标准C＋＋语言编写了一个程序——Hapseeker对DNA或RNA序列进行分析。经及复验证，Hapseeker能够鉴定单倍型并统计每种单倍型的频率，快速找出变异位点，具有操作简单、运行速度快，结果准确可靠的优点。
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| 关 键 词： | Hapseeker 单倍型 C＋＋ 变异位点 |
Hapseeker: A C++ Program for Analyzing Haplotype |
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| CHEN Ping,ZHENG Wei,WANG Liu-yang.Hapseeker: A C++ Program for Analyzing Haplotype[J].Agricultural Science ＆ Technology,2009,10(3):1-2,6. |
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| Authors: | CHEN Ping ZHENG Wei WANG Liu-yang |
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| Institution: | 1. Key Laboratory of the Qinghai-Tibetan Plateau Ecological Adaptaion, Northwest Institute of Plateau Biology, the Chinese Academy of Sciences, Xining 810008; 2. Graduate School of the Chinese Academy of Sciences, Beijing 100039) |
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| Abstract: | The C＋＋ program： Hapseeker was developed to analyze DNA or RNA sequence, besides, Hapseeker could be used to identify haplotype, calculate frequency of each haplotype as well as find variable site quickly. Moreover, Hapseeker had many advantages such as simple operation, rapid running speed and high accuracy. |
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| Keywords: | Hapseeker C++ Hapseeker Hapseeker C++ Variable site |
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