基于卵形鲳鲹基因组重测序的InDel标记挖掘与耐低氧性状关联分析

卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)是高耗氧率的鱼类，低氧极易导致其死亡。筛选其耐低氧性状InDel分子标记并挖掘影响耐低氧性状的功能基因，可为选育具有较强耐低氧能力的卵形鲳鲹提供有益指导。利用全基因组重测序技术分析了卵形鲳鲹基因InDel差异，挖掘卵形鲳鲹与耐低氧性状显著关联的InDel位点，并探讨了与耐低氧性状相关的候选基因。结果表明，测序共获得693.48 Gb数据，其中Q30的平均值为90.8%，注释分析发现了共2 574 178个InDel位点。敏感组50尾卵形鲳鲹所特有的InDel共249 395个，其中2 209个位于外显子上，在核苷酸切除修复信号通路和细胞黏着分子中存在变异基因。将InDel位点与耐低氧性状关联分析发现，3个InDel位点(InDel 22883061、InDel 24919481和InDel 14451779)接近显著性阈值，注释分析获得了9个候选基因。筛选到的InDel位点对后期分子标记选择育种的选择和鉴定有重要价值，注释到的候选基因为卵形鲳鲹耐低氧的机理研究提供了基础和依据。