H9N2亚型猪流感病毒血凝素基因的克隆、序列分析及生物信息学预测

对猪流感A/swine/HeBei/012/2008/(H9N2)分离株血凝素(HA)基因进行了克隆和序列测定,与GenBank中收录的相关序列进行了比对并绘制了系统发育进化树。采用生物信息软件和互联网服务器,预测HA的二级结构,分析其表面特性(亲水性、柔韧性、可及性和抗原性),综合预测HA的B细胞抗原表位。结果显示:HA蛋白含有6个糖基化位点,剪切位点序列为PARSSR GLF,为低致病性流感病毒的裂解位点。HA基因核苷酸序列和推导的氨基酸的同源性与A/chicken/Hebei/4/2008(H9N2)最高,均为99%。HA基因进化树显示分离毒株与A/chicken/Hebei/4/2008(H9N2)位于同一分支,具有较近的亲缘关系;由此推测分离株可能是由A/chicken/Hebei/4/2008(H9N2)而来,在跨物种传播的过程中发生了部分变异。生物信息学预测结果表明:HA蛋白肽链的24-31、167-179、190-196、266-273和487-508区段为预测的B细胞表位优势区。