大麦种子萌发lncRNA-miRNA-mRNA差异表达分析及ceRNA调控网络构建

为解析长链非编码RNA(lncRNA)、microRNA(miRNA)和mRNA如何在ceRNA互作模式下调控大麦种子萌发，揭示大麦(Hordeum vulgare L.)种子萌发转录水平分子调控机制，基于大麦种子萌发相关的RNA-Seq数据，共鉴定出6447个差异表达的mRNA,661个差异表达的lncRNA,310个差异表达的miRNA;对差异表达的mRNA和lncRNA进行加权基因共表达网络(WGCNA)分析，各鉴定到1个与大麦种子萌发高度相关的共表达模块。模块内相关基因涉及水分响应、胚发育等生物学过程，以及MAPK信号转导、植物激素信号转导等信号通路。通过对lncRNA/mRNA和miRNA进行靶基因预测，得到168个miRNA-mRNA靶基因对以及310个miRNA-lncRNA靶基因对，进而构建了包含2个子网络的ceRNA调控网络，发现有16个miRNA、38个lncRNA以及18个mRNA可能具有ceRNA功能。最后，利用qRT-PCR验证了2个关系对：HORVU0Hr1G039470-miR2611-MSTRG.21252以及HORVU6Hr1G031480-miR18...