| 不同植物LDOX/ANS基因的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 董娇,周军,辛培尧,许玉兰,刘岩,韦援教,付海辉. 不同植物LDOX/ANS基因的生物信息学分析[J]. 广西农业生物科学, 2010, 0(5) |
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| 作者姓名： | 董娇 周军 辛培尧 许玉兰 刘岩 韦援教 付海辉 |
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| 作者单位： | 西南林业大学 西南山地森林保育与利用省部共建教育部重点实验室 |
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| 基金项目： | 西南林业大学云南省重点学科森林培育学(XKZ200906),西南林业大学重点建设学科林木遗传育种(XKX-200904);; 国家林业局西南地区生物多样性保育重点实验室开放基金项目(BC2010F08)共同资助 |
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| 摘 要： | 花青素是一类重要的植物次生代谢产物。本文采用生物信息学的方法对已在GenBank上登录的拟南芥、西洋梨、苹果、桃、葡萄、芥菜、菊花新品种和水稻等植物的无色花青素双加氧酶/花青素合成酶(LDOX/ANS)基因的核酸及氨基酸序列、组成成分、导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级结构、三级结构及功能域等进行预测和推断。结果表明,ORF除了桃和菊花新品种为500bp左右之外,其它几种植物都在1070bp左右,分子量均为4kD左右,理论等电点均低于7,说明LDOX/ANS呈酸性。Glu、Leu和Val是这些植物共有的主要氨基酸。核苷酸同源性比对结果显示,拟南芥LDOX/ANS与其它植物LDOX/ANS的同源性较高;8个物种的LDOX/ANS基因被分为两个大类,单子叶植物水稻LDOX/ANS基因被单独分为一类,其它的均聚成一大类。研究还发现这些植物的LDOX/ANSN端不存在导肽和信号肽,无跨膜结构域,肽链表现为亲水性。蛋白质二级结构中最主要的结构元件是α-螺旋和无规则卷曲,包含一个20G-FeⅡOxy功能结构域。通过此次研究,希望为今后深入研究该类酶的功能和结构特征提供依据。
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| 关 键 词： | 无色花青素双加氧酶/花青素合成酶（LDOX/ANS） 核苷酸序列 序列分析 生物信息学 |
Bioinformatics Analysis of LDOX/ANS Gene in Different Plants |
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| Dong Jiao Zhou Jun Xin Peiyao Xu Yulan Liu Yan Wei Yuanjiao Fu Haihui. Bioinformatics Analysis of LDOX/ANS Gene in Different Plants[J]. Journal of Guangxi Agricultural and Biological Science, 2010, 0(5) |
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| Authors: | Dong Jiao Zhou Jun Xin Peiyao Xu Yulan Liu Yan Wei Yuanjiao Fu Haihui |
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| Affiliation: | Dong Jiao Zhou Jun Xin Peiyao Xu Yulan Liu Yan Wei Yuanjiao Fu Haihui Southwest Forestry University; Key Laboratory for Forest Resources Conservation and Use in the Southwest Mountains of China; Kunming; 650224; |
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| Abstract: | Anthocyanins are a class of important secondary metabolites in plants. In this paper, the nucleic acid sequences and amino acid sequences of LDOX/ANS from eight species, such as Arabidopsis thaliana, Pyrus communis, Malus domestica, Prunus persica, Vitis vinifera, Brassica juncea, Chrysanthemum × morifolium and Oryza sativa, which were registered in GenBank, were analyzed by bioinformatics methods, including the composition of nucleic acid sequences and amino acid sequences, leader peptides, signal peptide,... |
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| Keywords: | Leucoanthocyanidin dioxygenase/anthocyanidin synthase （LDOX/ANS） Nucleotide sequences Sequence analysis Bioinformatics |
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